MirGeneDB ID | Cli-Mir-181-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-181 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACAUUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rock pigeon (Columba livia) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cli-mir-181b-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cli-Mir-181-P1a Cli-Mir-181-P1b Cli-Mir-181-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-181-P2b Ami-Mir-181-P2b Bta-Mir-181-P2b Cfa-Mir-181-P2b Cja-Mir-181-P2b Cmi-Mir-181-P2b Cpi-Mir-181-P2b Cpo-Mir-181-P2b Dno-Mir-181-P2b Dre-Mir-181-P2b2 Eca-Mir-181-P2b Ete-Mir-181-P2b Gga-Mir-181-P2b Gja-Mir-181-P2b Gmo-Mir-181-P2b2 Hsa-Mir-181-P2b Laf-Mir-181-P2b Lch-Mir-181-P2b Loc-Mir-181-P2b Mal-Mir-181-P2b2 Mdo-Mir-181-P2b Mml-Mir-181-P2b Mmr-Mir-181-P2b Mmu-Mir-181-P2b Mun-Mir-181-P2b Neu-Mir-181-P2b Oan-Mir-181-P2b Ocu-Mir-181-P2b Pab-Mir-181-P2b Pbv-Mir-181-P2b Rno-Mir-181-P2b Sha-Mir-181-P2b Spt-Mir-181-P2b Sto-Mir-181-P2b Tgu-Mir-181-P2b Tni-Mir-181-P2b1 Xla-Mir-181-P2b3 Xla-Mir-181-P2b4 Xtr-Mir-181-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (colLiv2) |
scaffold686: 918309-918368 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-181-P2b) |
Mir-181-P2b
scaffold686: 918309-918368 [-]
Mir-181-P1b scaffold686: 919231-919290 [-] |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUGCGUCUUCAGCAUCUAAUGGCUGCAAUCAACAUUCAUUGCUGUCGGUGGGUUUUCUUUUCUGUCAACUCACUGAUCAAUGAAUGCAAACUGCGGACCAGCCAGCUCGGAGAGCGCAGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CUGCGUCUUCAGCAUCUAA- -| AUCAA CU UUCUU UGG CUGCA CAUUCAUUG GUCGGUGGGUU U ACC GGCGU GUAAGUAAC UAGUCACUCAA U CGACGCGAGAGGCUCGACCG A^ CAAAC -- CUGUC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cli-Mir-181-P2b_5p |
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mirBase accession | MIMAT0038553 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AACAUUCAUUGCUGUCGGUGGGUU -24
Get sequence
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Star sequence | Cli-Mir-181-P2b_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0038555 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- CUCACUGAUCAAUGAAUGCAAA -60
Get sequence
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