MirGeneDB ID | Gga-Mir-181-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-181 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACAUUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Chicken (Gallus gallus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gga-mir-181b-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Gga-Mir-181-P1a Gga-Mir-181-P1b Gga-Mir-181-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-181-P2b Ami-Mir-181-P2b Bta-Mir-181-P2b Cfa-Mir-181-P2b Cja-Mir-181-P2b Cli-Mir-181-P2b Cmi-Mir-181-P2b Cpi-Mir-181-P2b Cpo-Mir-181-P2b Dno-Mir-181-P2b Dre-Mir-181-P2b2 Eca-Mir-181-P2b Ete-Mir-181-P2b Gja-Mir-181-P2b Gmo-Mir-181-P2b2 Hsa-Mir-181-P2b Laf-Mir-181-P2b Lch-Mir-181-P2b Loc-Mir-181-P2b Mal-Mir-181-P2b2 Mdo-Mir-181-P2b Mml-Mir-181-P2b Mmr-Mir-181-P2b Mmu-Mir-181-P2b Mun-Mir-181-P2b Neu-Mir-181-P2b Oan-Mir-181-P2b Ocu-Mir-181-P2b Pab-Mir-181-P2b Pbv-Mir-181-P2b Rno-Mir-181-P2b Sha-Mir-181-P2b Spt-Mir-181-P2b Sto-Mir-181-P2b Tgu-Mir-181-P2b Tni-Mir-181-P2b1 Xla-Mir-181-P2b3 Xla-Mir-181-P2b4 Xtr-Mir-181-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Gallus_gallus.GRCg6a) |
17: 9797675-9797734 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-181-P2b) |
Mir-181-P1b
17: 9796043-9796103 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-181-P2b 17: 9797675-9797734 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCUCCGGCCCAGCAUCUAAUGGCUGCAAUCAACAUUCAUUGCUGUCGGUGGGUUUUCAUUGCUAUCAACUCACUGAUCAAUGAAUGCAAACUGCGGACCAGCUGGCUAAGAGGCUGCGUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GCUCCGGCCCAGCAUCUAA- -| AUCAA CU UUCAU UGG CUGCA CAUUCAUUG GUCGGUGGGUU U ACC GGCGU GUAAGUAAC UAGUCACUCAA G GUGCGUCGGAGAAUCGGUCG A^ CAAAC -- CUAUC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Gga-Mir-181-P2b_5p |
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mirBase accession | MIMAT0001151 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AACAUUCAUUGCUGUCGGUGGGUU -24
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-181b-5p miRDB: MIMAT0001151 |
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Star sequence | Gga-Mir-181-P2b_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0031059 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- CUCACUGAUCAAUGAAUGCAAA -60
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-181b-2-3p miRDB: MIMAT0031059 |