MirGeneDB ID | Esc-Mir-216-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-216 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAUAUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Hawaiian bobtail squid (Euprymna scolopes) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Esc-Mir-216-P2k | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-216-P1 Asu-Mir-216-P1 Bge-Mir-216-P1 Cgi-Mir-216-P1 Cte-Mir-216-P1 Dan-Mir-216-P1 Dma-Mir-216-P1 Dme-Mir-216-P1 Dmo-Mir-216-P1 Dpu-Mir-216-P1 Dsi-Mir-216-P1 Dya-Mir-216-P1 Efe-Mir-216-P1a Efe-Mir-216-P1b Hme-Mir-216-P1 Lan-Mir-216-P1e Lan-Mir-216-P1f Lgi-Mir-216-P1 Tca-Mir-216-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_004765925.1_miRNA_LOCI) |
Esc-Mir-216-P1_pre_SRIE01006986.1:172560-172817: 101-158 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUUUUUUUUGGCUGUGGUUGUUUGGUUUCUUAAUAUCAGCUGGUAAUCCUGAGCAAAAGAAUCUCUCAGGCGGCUAGUUGGUAUUGGGGAAACACAACCGUUAGGGACUCUGCCACUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AUUUUUUUUGGCUGUGG----| UUGG AAU GCAAAA UUGU UUUCUUAAUAUCAGCUGGU CCUGA \ AACA AAGGGGUUAUGGUUGAUCG GGACU G GUCACCGUCUCAGGGAUUGCC^ CA-- GC- CUCUAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Esc-Mir-216-P1_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAAUAUCAGCUGGUAAUCCUGA -22
Get sequence
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Star sequence | Esc-Mir-216-P1_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- AGGCGGCUAGUUGGUAUUGGG -58
Get sequence
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