MirGeneDB ID | Lgi-Mir-10-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-10 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UACCCUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Owl limpet (Lottia gigantea) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Lgi-Mir-10-P1 Lgi-Mir-10-P2 Lgi-Mir-10-P3 Lgi-Mir-10-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Adi-Mir-10 Agr-Mir-10-P5 Asp-Mir-10 Cte-Mir-10-P5 Eba-Mir-10-P5 Efe-Mir-10-P5a Efe-Mir-10-P5b Hru-Mir-10-P5 Lhy-Mir-10-P5 Llo-Mir-10-P5a-v1 Llo-Mir-10-P5a-v2 Llo-Mir-10-P5b-v1 Llo-Mir-10-P5b-v2 Llo-Mir-10-P5b-v3 Mgi-Mir-10-P5 Mom-Mir-10-P5 Nve-Mir-10 Ofu-Mir-10-P5 Pau-Mir-10-P5 Pdu-Mir-10-P5 Pve-Mir-10-P5 Rph-Mir-10-P5 Snu-Mir-10-P5 War-Mir-10-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Lophotrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eumetazoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Lotgi1) |
LOTGIsca_12: 2736439-2736501 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GAUCUACUCCGAGAAAUGGGCUUGGUUCGUUUACCCUGUAGUACCGAGCAAGUGGACAAUUUUGAAAAACACUGUUCGCUACUGGGGGUCAAAGAACUGAGUUUGAAAACAACAAUUCAGAAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GAUCUACUCCGAGAAAU--| UG G U G C A GACAAUU GGGCU GUUC UU ACCCU UAGUA CGAGCA GUG \ UUUGA CAAG AA UGGGG GUCAU GCUUGU CAC U GAAGACUUAACAACAAAAG^ GU A C - C - AAAAAGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Lgi-Mir-10-P5_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUACCCUGUAGUACCGAGCAAGUG -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Lgi-Mir-10-P5_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- CUGUUCGCUACUGGGGGUCAAA -63
Get sequence
|