MirGeneDB ID | Pau-Mir-10-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-10 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UACCCUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Horseshoe worm (Phoronis australis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Pau-Mir-10-P1 Pau-Mir-10-P2 Pau-Mir-10-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Adi-Mir-10 Agr-Mir-10-P5 Asp-Mir-10 Cte-Mir-10-P5 Eba-Mir-10-P5 Efe-Mir-10-P5a Efe-Mir-10-P5b Hru-Mir-10-P5 Lgi-Mir-10-P5 Lhy-Mir-10-P5 Llo-Mir-10-P5a-v1 Llo-Mir-10-P5a-v2 Llo-Mir-10-P5b-v1 Llo-Mir-10-P5b-v2 Llo-Mir-10-P5b-v3 Mgi-Mir-10-P5 Mom-Mir-10-P5 Nve-Mir-10 Ofu-Mir-10-P5 Pdu-Mir-10-P5 Pve-Mir-10-P5 Rph-Mir-10-P5 Snu-Mir-10-P5 War-Mir-10-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Lophotrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eumetazoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Phoronis_australis_GCA_002633005) |
NMRA01000084.1: 489056-489115 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UAUCAAAAGACUGAGCAAGUUUGCGCGUAUAUACCCUGACAGACCGAGUGUGUGUUCAAAACUAUUCACCUCUCGUUCGUCAGGGUACAUUCGUUCUUGCUAUAGCGUCCAAGCCAUUGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UAUCAAAAGACUGAGCA--| UUGC U A A C U- UGUUCA AGU GCG AU UACCCUGAC GA CGAG GUG A UCG UGC UA AUGGGACUG CU GCUC CAC A CGUUACCGAACCUGCGAUA^ UUCU U C - U UC UUAUCA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Pau-Mir-10-P5_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AUACCCUGACAGACCGAGUGUGUG -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Pau-Mir-10-P5_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- CCUCUCGUUCGUCAGGGUACAU -60
Get sequence
|