MirGeneDB ID | Pve-Mir-10-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-10 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UACCCUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Vernerds tusk shell (Pictodentalium vernedei) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Pve-Mir-10-P1 Pve-Mir-10-P2 Pve-Mir-10-P3 Pve-Mir-10-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Adi-Mir-10 Agr-Mir-10-P5 Asp-Mir-10 Cte-Mir-10-P5 Eba-Mir-10-P5 Efe-Mir-10-P5a Efe-Mir-10-P5b Hru-Mir-10-P5 Lgi-Mir-10-P5 Lhy-Mir-10-P5 Llo-Mir-10-P5a-v1 Llo-Mir-10-P5a-v2 Llo-Mir-10-P5b-v1 Llo-Mir-10-P5b-v2 Llo-Mir-10-P5b-v3 Mgi-Mir-10-P5 Mom-Mir-10-P5 Nve-Mir-10 Ofu-Mir-10-P5 Pau-Mir-10-P5 Pdu-Mir-10-P5 Rph-Mir-10-P5 Snu-Mir-10-P5 War-Mir-10-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Lophotrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eumetazoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (PVE_manual_microRNAloci) |
CM062289.1:344002716-344002974: 101-159 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GAUUCCAACAGUAACCUAUCCAUACCAUUUUUACCCUGUAGAACCGAGCGAGUGGAGAUAUACGGCACCGUUCGCUUCUGGGGGUGACCAAGUUAUGGAAACUAACGACGAAUCUGAGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GAUUCCAACAGUAACCUA--| CCAUUU G C A GAGAU UCCAUA UUACCCU UAGAA CGAGCG GUG \ AGGUAU AGUGGGG GUCUU GCUUGC CAC A GGAGUCUAAGCAGCAAUCAA^ UGAACC - C - GGCAU 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Pve-Mir-10-P5_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUACCCUGUAGAACCGAGCGAGUG -24
Get sequence
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Star sequence | Pve-Mir-10-P5_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- CCGUUCGCUUCUGGGGGUGACC -59
Get sequence
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