MirGeneDB ID | Sme-Mir-1992-P6-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1992 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GCCAAUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Freshwater planarian (Schmidtea mediterranea) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | sme-mir-2149 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Sme-Mir-1992-P5 Sme-Mir-1992-P6-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Agr-Mir-1992 Cte-Mir-1992 Dgr-Mir-1992 Eba-Mir-1992 Egr-Mir-1992 Esc-Mir-1992 Gsa-Mir-1992 Hru-Mir-1992 Lan-Mir-1992 Llo-Mir-1992 Mgi-Mir-1992 Mom-Mir-1992 Npo-Mir-1992 Obi-Mir-1992 Ofu-Mir-1992 Ovu-Mir-1992 Pau-Mir-1992 Pcr-Mir-1992 Pdu-Mir-1992 Pve-Mir-1992 Rph-Mir-1992 Sma-Mir-1992 Snu-Mir-1992 War-Mir-1992 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | S. mediterranea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Platytrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Sme_GCA_002600895.1_ASM260089v1_alt) |
NNSW01000053_dd_Smes_g4_53: 1164867-1164928 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1992-P6-v1) |
Mir-1992-P6-v2
NNSW01000053_dd_Smes_g4_53: 1164866-1164929 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-1992-P6-v1 NNSW01000053_dd_Smes_g4_53: 1164867-1164928 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUAUAUAUUUGCAGAAGAUCAAAUGAGUACCGCCAAUGACAAACUGUUGAUGAAGACUUUGUCACAAUUAUCAGCAGUUGUCCAUUGACGUUAUUUACCUUCGUUUUCAUCGAACUAUUUUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GUAUAUAUUUGCAGAAGAUCAAA-- C C -| A GAAGACUU UGAGUA CG CAAU GACAA CUGUUGAU U AUUUAU GC GUUA CUGUU GACGACUA G UUUUUAUCAAGCUACUUUUGCUUCC U A C^ - UUAACACU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Sme-Mir-1992-P6-v1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0011229 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CGCCAAUGACAAACUGUUGAU -21
Get sequence
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Star sequence | Sme-Mir-1992-P6-v1_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0012134 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- UCAGCAGUUGUCCAUUGACGUU -62
Get sequence
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