MirGeneDB ID | Sme-Mir-1992-P6-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1992 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CGCCAAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Freshwater planarian (Schmidtea mediterranea) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | sme-mir-2149 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Sme-Mir-1992-P5 Sme-Mir-1992-P6-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cgi-Mir-1992 Cte-Mir-1992 Esc-Mir-1992 Lan-Mir-1992 Npo-Mir-1992 Obi-Mir-1992 Ovu-Mir-1992 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | S. mediterranea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Platytrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Sme_GCA_002600895.1_ASM260089v1_alt) |
NNSW01000053_dd_Smes_g4_53: 1164866-1164929 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1992-P6-v2) |
Mir-1992-P6-v2
NNSW01000053_dd_Smes_g4_53: 1164866-1164929 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-1992-P6-v1 NNSW01000053_dd_Smes_g4_53: 1164867-1164928 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGUAUAUAUUUGCAGAAGAUCAAAUGAGUACCGCCAAUGACAAACUGUUGAUGAAGACUUUGUCACAAUUAUCAGCAGUUGUCCAUUGACGUUAUUUACCUUCGUUUUCAUCGAACUAUUUUUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UGUAUAUAUUUGCAGAA----| UCAAA C C - A GAAGACUU GA UGAGUA CG CAAUG ACAA CUGUUGAU U CU AUUUAU GC GUUAC UGUU GACGACUA G UUUUUUAUCAAGCUACUUUUG^ UCC-- U A C - UUAACACU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Sme-Mir-1992-P6-v2_5p |
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mirBase accession | MIMAT0011229 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CCGCCAAUGACAAACUGUUGAU -22
Get sequence
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Star sequence | Sme-Mir-1992-P6-v2_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0012134 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- UCAGCAGUUGUCCAUUGACGUUA -64
Get sequence
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