MirGeneDB ID | Snu-Mir-1992 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1992 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CAGCAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Peanut worm (Sipunculus nudus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Agr-Mir-1992 Cte-Mir-1992 Dgr-Mir-1992 Eba-Mir-1992 Efe-Mir-1992-P3 Efe-Mir-1992-P4 Egr-Mir-1992 Esc-Mir-1992 Gsa-Mir-1992 Hru-Mir-1992 Lan-Mir-1992 Lgi-Mir-1992-P1 Lgi-Mir-1992-P2 Llo-Mir-1992 Mgi-Mir-1992 Mom-Mir-1992 Npo-Mir-1992 Obi-Mir-1992 Ofu-Mir-1992 Ovu-Mir-1992 Pau-Mir-1992 Pcr-Mir-1992 Pdu-Mir-1992 Pve-Mir-1992 Rph-Mir-1992 Sma-Mir-1992 Sme-Mir-1992-P5 Sme-Mir-1992-P6-v1 Sme-Mir-1992-P6-v2 War-Mir-1992 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Platytrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Platytrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_026874595.1_ASM2687459v1_Sipunculus_nudus) |
CM049321.1: 9019061-9019120 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCUGGAGUCAGAGAUUUGGUUACUAUGGCACGUCAGUGUAUGUCUGCUGGUAUCCACUGGCAACGUAUCAGCAGUUGUACCACUGAUGUGCUAUGGUUGUCCAUGGCAACAAAAUGGAAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GCUGGAGUCAGAGAUUU- UU- -| U UCCACU GG ACUAUGGCACGUCAGU GUAUG CUGCUGGUA \ CC UGGUAUCGUGUAGUCA CAUGU GACGACUAU G GAAGGUAAAACAACGGUA UGU C^ U GCAACG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Snu-Mir-1992_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CGUCAGUGUAUGUCUGCUGGUA -22
Get sequence
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Mature sequence | Snu-Mir-1992_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UCAGCAGUUGUACCACUGAUGUG -60
Get sequence
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