| MirGeneDB ID | Sma-Mir-1992 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1992 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CAGCAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Blood fluke (Schistosoma mansoni) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-1992 Cte-Mir-1992 Dgr-Mir-1992 Eba-Mir-1992 Efe-Mir-1992-P3 Efe-Mir-1992-P4 Egr-Mir-1992 Esc-Mir-1992 Gsa-Mir-1992 Hru-Mir-1992 Lan-Mir-1992 Lgi-Mir-1992-P1 Lgi-Mir-1992-P2 Llo-Mir-1992 Mgi-Mir-1992 Mom-Mir-1992 Npo-Mir-1992 Obi-Mir-1992 Ofu-Mir-1992 Ovu-Mir-1992 Pau-Mir-1992 Pcr-Mir-1992 Pdu-Mir-1992 Pve-Mir-1992 Rph-Mir-1992 Sme-Mir-1992-P5 Sme-Mir-1992-P6-v1 Sme-Mir-1992-P6-v2 Snu-Mir-1992 War-Mir-1992 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Platytrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Platytrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000237925.5_SM_V9_genomic) |
HE601630.3: 11729903-11730000 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCGACAAAAUAAAGGGGAUAUGUGUUCUGUUCGUUGGUCAACUGUUUAUACAUUCACAUAUUUAAAUUUAAAAAAAAAAUUAAUACAUGUGUGAAGUAUUAAUCGUAUCAGCAGUUGCACCAUCGAUGCAAACGUCCUCUGAAUCAACCGAAAAUUUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 70 CCGACAAAAUAAAGGGGAUAUG-- C - U -| U CAUUCACAUAUUUAAAUUUAAAAAAAA UGUU UGU UCG UGGU CAACUGUU AUA \ GCAA ACG AGC ACCA GUUGACGA UAU A GUUUAAAAGCCAACUAAGUCUCCU - U U C^ C GCUAAUUAUGAAGUGUGUACAUAAUUA 150 140 130 120 110 100 90 80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Sma-Mir-1992_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCGUUGGUCAACUGUUUAUA -20
Get sequence
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| Mature sequence | Sma-Mir-1992_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
77- UCAGCAGUUGCACCAUCGAUG -98
Get sequence
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