MirGeneDB ID | Cfa-Mir-144-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-144 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACAGUAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-144 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cfa-Mir-144-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-144-v1 Ami-Mir-144 Bta-Mir-144-v1 Cli-Mir-144-v1 Cmi-Mir-144 Cpi-Mir-144 Cpo-Mir-144-v1 Dno-Mir-144 Dre-Mir-144-v1 Ebu-Mir-144-v1 Ete-Mir-144 Gga-Mir-144 Gja-Mir-144-v1 Gmo-Mir-144-v1 Hsa-Mir-144-v1 Lch-Mir-144 Loc-Mir-144-v1 Mal-Mir-144-v1 Mdo-Mir-144 Mml-Mir-144 Mmu-Mir-144-v1 Mun-Mir-144-v1 Oan-Mir-144 Ocu-Mir-144-v1 Pbv-Mir-144 Pma-Mir-144 Rno-Mir-144-v1 Sha-Mir-144 Spt-Mir-144 Sto-Mir-144 Tgu-Mir-144-v1 Tni-Mir-144 Xtr-Mir-144 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chr9: 43031036-43031093 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-144-v1) |
Mir-451
chr9: 43030875-43030916 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-144-v1 chr9: 43031036-43031093 [-] UCSC Ensembl Mir-144-v2 chr9: 43031036-43031093 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUCCCUGUGCCUGCUGCGGGGCCCUGGCUAGGAUAUCAUCAUAUACUGUAAGUUUGCGACAAGAUACUACAGUAUAGAUGAUGUACUAGUCCGGGUCCCCACAGCUCUGGAGCCAGAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CUCCCUGUGCCUGCUGC--| U G A AGUUUGCG GGGGCCC GGCUAG AUAUCAUC UAUACUGUA \ CCCUGGG CUGAUC UGUAGUAG AUAUGACAU A UAGACCGAGGUCUCGACAC^ C A - CAUAGAAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cfa-Mir-144-v1_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGAUAUCAUCAUAUACUGUAAG -22
Get sequence
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Mature sequence | Cfa-Mir-144-v1_3p |
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mirBase accession | MIMAT0006734 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UACAGUAUAGAUGAUGUACUA -58
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-144 miRDB: MIMAT0006734 |