MirGeneDB ID | Dre-Mir-144-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-144 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACAGUAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Zebrafish (Danio rerio) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dre-mir-144 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Dre-Mir-144-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-144-v1 Ami-Mir-144 Bta-Mir-144-v1 Cfa-Mir-144-v1 Cja-Mir-144-v1 Cli-Mir-144-v1 Cmi-Mir-144 Cpi-Mir-144 Cpo-Mir-144-v1 Dno-Mir-144 Ebu-Mir-144-v1 Eca-Mir-144-v1 Ete-Mir-144 Gga-Mir-144 Gja-Mir-144-v1 Gmo-Mir-144-v1 Hsa-Mir-144-v1 Laf-Mir-144 Lch-Mir-144 Loc-Mir-144-v1 Mal-Mir-144-v1 Mdo-Mir-144 Mml-Mir-144 Mmr-Mir-144 Mmu-Mir-144-v1 Mun-Mir-144-v1 Neu-Mir-144-v1 Oan-Mir-144 Ocu-Mir-144-v1 Pab-Mir-144-v1 Pbv-Mir-144 Pma-Mir-144 Rno-Mir-144-v1 Sha-Mir-144 Spt-Mir-144 Sto-Mir-144 Tgu-Mir-144-v1 Tni-Mir-144 Xtr-Mir-144 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (danRer11) |
chr5: 42272092-42272150 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-144-v1) |
Mir-451
chr5: 42271979-42272020 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-144-v1 chr5: 42272092-42272150 [-] UCSC Ensembl Mir-144-v2 chr5: 42272092-42272150 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUUGAUUGUUUUAAUCUUGCUCUCUAGACAGGAUAUCAUCGUAUACUGUAAGUUCAUUAUUGAGACACUACAGUAUAGAUGAUGUACUAUCCAGGGGGUCAACGAGCCUCUGACGGUUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CUUGAUUGUUUUAAUCUU--| A C G G AGUUCAUU GCUCUCU GA AG AUAUCAUC UAUACUGUA A UGGGGGA CU UC UGUAGUAG AUAUGACAU U UUUGGCAGUCUCCGAGCAAC^ C A A - CACAGAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | There is a second Drosha cut +1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Dre-Mir-144-v1_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0031975 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGAUAUCAUCGUAUACUGUAAG -22
Get sequence
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Mature sequence | Dre-Mir-144-v1_3p |
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mirBase accession | MIMAT0001841 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UACAGUAUAGAUGAUGUACUA -59
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-144 |