| MirGeneDB ID | Mdo-Mir-144 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-144 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GAUAUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mdo-mir-144 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-144-v1 Aca-Mir-144-v2 Ami-Mir-144 Bta-Mir-144-v1 Bta-Mir-144-v2 Cfa-Mir-144-v1 Cfa-Mir-144-v2 Cja-Mir-144-v1 Cja-Mir-144-v2 Cli-Mir-144-v1 Cli-Mir-144-v2 Cmi-Mir-144 Cpi-Mir-144 Cpo-Mir-144-v1 Cpo-Mir-144-v2 Dno-Mir-144 Dre-Mir-144-v1 Dre-Mir-144-v2 Ebu-Mir-144-v1 Ebu-Mir-144-v2 Eca-Mir-144-v1 Eca-Mir-144-v2 Ete-Mir-144 Gga-Mir-144 Gja-Mir-144-v1 Gja-Mir-144-v2 Gmo-Mir-144-v1 Gmo-Mir-144-v2 Hsa-Mir-144-v1 Hsa-Mir-144-v2 Laf-Mir-144 Lch-Mir-144 Loc-Mir-144-v1 Loc-Mir-144-v2 Mal-Mir-144-v1 Mal-Mir-144-v2 Mml-Mir-144 Mmr-Mir-144 Mmu-Mir-144-v1 Mmu-Mir-144-v2 Mun-Mir-144-v1 Mun-Mir-144-v2 Neu-Mir-144-v1 Neu-Mir-144-v2 Oan-Mir-144 Ocu-Mir-144-v1 Ocu-Mir-144-v2 Pab-Mir-144-v1 Pab-Mir-144-v2 Pbv-Mir-144 Pma-Mir-144 Rno-Mir-144-v1 Rno-Mir-144-v2 Sha-Mir-144 Spt-Mir-144 Sto-Mir-144 Tgu-Mir-144-v1 Tgu-Mir-144-v2 Tni-Mir-144 Xla-Mir-144-P1-v1 Xla-Mir-144-P1-v2 Xla-Mir-144-P2-v1 Xla-Mir-144-P2-v2 Xtr-Mir-144 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (monDom5_add) |
2: 506777503-506777560 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-144) |
Mir-451
2: 506777386-506777427 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-144 2: 506777503-506777560 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGACGUGGAUGUGGCGCGGGGCCCAGGCCGGGAUAUCAUCGUAUACUGUAAGUUUGCAAUGAGACACUACAGUAUAGAUGAUGUACUGGCGAGGGCCGCCUCAGCUCCAGAGCCCAGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GGACGUGGAUGUGGCGC- -| AG G G A UUGCA GG GGCCC GCCGG AUAUCAUC UAUACUGUA GU A CC CCGGG CGGUC UGUAGUAG AUAUGACAU CA U CGACCCGAGACCUCGACU G^ AG A - - CAGAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Dicer cut -1 on both arms that corresponds to the isomirs in other taxa where the 3p arm is highly expressed. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mdo-Mir-144_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0026669 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGAUAUCAUCGUAUACUGUAAGU -23
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-144-5p |
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| Star sequence | Mdo-Mir-144_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0004114 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- CUACAGUAUAGAUGAUGUACUG -58
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-144-3p |
