MirGeneDB ID | Bta-Mir-144-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-144 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAUAUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cow (Bos taurus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | bta-mir-144 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Bta-Mir-144-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-144-v2 Ami-Mir-144 Cfa-Mir-144-v2 Cja-Mir-144-v2 Cli-Mir-144-v2 Cmi-Mir-144 Cpi-Mir-144 Cpo-Mir-144-v2 Dno-Mir-144 Dre-Mir-144-v2 Ebu-Mir-144-v2 Eca-Mir-144-v2 Ete-Mir-144 Gga-Mir-144 Gja-Mir-144-v2 Gmo-Mir-144-v2 Hsa-Mir-144-v2 Laf-Mir-144 Lch-Mir-144 Loc-Mir-144-v2 Mal-Mir-144-v2 Mdo-Mir-144 Mml-Mir-144 Mmr-Mir-144 Mmu-Mir-144-v2 Mun-Mir-144-v2 Neu-Mir-144-v2 Oan-Mir-144 Ocu-Mir-144-v2 Pab-Mir-144-v2 Pbv-Mir-144 Pma-Mir-144 Rno-Mir-144-v2 Sha-Mir-144 Spt-Mir-144 Sto-Mir-144 Tgu-Mir-144-v2 Tni-Mir-144 Xtr-Mir-144 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_002263795.1_ARS-UCD1.2_BTA) |
NC_037346.1: 20238701-20238758 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-144-v2) |
Mir-451
NC_037346.1: 20238539-20238580 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-144-v1 NC_037346.1: 20238701-20238758 [-] UCSC Ensembl Mir-144-v2 NC_037346.1: 20238701-20238758 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUCCCUGCGCCUCCCGCAGGGCCCUGACUGGGAUAUCAUCAUAUACUGUAAGUUUGCAACGAGACACUACAGUAUAGAUGAUGUACUAGUCCGGGUGCUCCCAGCUCUGGAGCCAGCGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CUCCCUGCGCCUCCCGC--| G U G A A UUGCA AG GCCC GACUGG AUAUCAUC UAUACUGUA GU A UC UGGG CUGAUC UGUAGUAG AUAUGACAU CA C GCGACCGAGGUCUCGACCC^ G C A - - CAGAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Bta-Mir-144-v2_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGAUAUCAUCAUAUACUGUAAGU -23
Get sequence
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Star sequence | Bta-Mir-144-v2_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0009234 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- CUACAGUAUAGAUGAUGUACUA -58
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: bta-miR-144 |