| MirGeneDB ID | Cpo-Mir-146-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-146 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAGAACU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpo-mir-146b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpo-Mir-146-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-146-P1 Ami-Mir-146-P1 Bta-Mir-146-P1 Cfa-Mir-146-P1 Cja-Mir-146-P1 Cli-Mir-146-P1 Cmi-Mir-146-P1 Cpi-Mir-146-P1 Dno-Mir-146-P1 Dre-Mir-146-P1 Ebu-Mir-146 Eca-Mir-146-P1 Ete-Mir-146-P1 Gga-Mir-146-P1 Gja-Mir-146-P1 Gmo-Mir-146-P1 Hsa-Mir-146-P1 Laf-Mir-146-P1 Lch-Mir-146-P1 Loc-Mir-146-P1 Mal-Mir-146-P1 Mdo-Mir-146-P1 Mml-Mir-146-P1 Mmr-Mir-146-P1 Mmu-Mir-146-P1 Mun-Mir-146-P1 Oan-Mir-146-P1 Ocu-Mir-146-P1 Pab-Mir-146-P1 Pbv-Mir-146-P1 Pma-Mir-146 Rno-Mir-146-P1 Sha-Mir-146-P1 Spt-Mir-146-P1 Tgu-Mir-146-P1 Tni-Mir-146-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (cavPor3) |
scaffold_11: 12137383-12137442 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGUACUGAGAACGACCUGGCCAUCUGGCUUUAAGAACUGAAUUCUGUAGGCUGUGAGCUCCAGCAAAUGCCUUAGGGACUCAGUUCUGGAAACCUGGCUGUGCUGCACCCAGUUUCCAGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UGUACUGAGAACGACCU----| UCU C A A GU UGUGAGCU GGCCA GG UUU AGAACUGA UUCU AGGC \ UCGGU CC AAG UCUUGACU AGGG UCCG C GGACCUUUGACCCACGUCGUG^ --- A G C AU UAAACGAC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cpo-Mir-146-P1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0047018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAGAACUGAAUUCUGUAGGCUG -23
Get sequence
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| Star sequence | Cpo-Mir-146-P1_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0047019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GCCUUAGGGACUCAGUUCUGGA -60
Get sequence
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