MirGeneDB ID | Eba-Mir-2001 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-2001 (all species) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGUGACC | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Epimenia (Solenogaster) (Epimenia babai) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Agr-Mir-2001 Bge-Mir-2001-P1 Bge-Mir-2001-P2 Cbr-Mir-2001 Cel-Mir-2001 Csc-Mir-2001 Cte-Mir-2001-v1 Cte-Mir-2001-v2 Dan-Mir-2001 Dgr-Mir-2001 Dlo-Mir-2001-v1 Dlo-Mir-2001-v2 Dme-Mir-2001 Dmo-Mir-2001 Dsi-Mir-2001 Dya-Mir-2001 Gpa-Mir-2001 Gsa-Mir-2001 Hme-Mir-2001 Hmi-Mir-2001 Hru-Mir-2001 Isc-Mir-2001 Lan-Mir-2001-P3 Lan-Mir-2001-P4 Lgi-Mir-2001 Lhy-Mir-2001 Llo-Mir-2001 Lpo-Mir-2001 Mgi-Mir-2001 Mom-Mir-2001 Npo-Mir-2001 Ofu-Mir-2001 Pau-Mir-2001 Pcr-Mir-2001 Pdu-Mir-2001 Pfl-Mir-2001 Pmi-Mir-2001 Pve-Mir-2001 Rph-Mir-2001 Sko-Mir-2001 Snu-Mir-2001 Spu-Mir-2001 Sro-Mir-2001 Tur-Mir-2001 War-Mir-2001 Xbo-Mir-2001 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Bilateria | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_011762755.2_ASM1176275v2_Epimenia) |
WURV02156569.1: 3460-3519 [+] Ensembl | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CAACCGACCGACCGAAGAACAGUGGUGGGUUUGUGACCGAUAUAAUGGGCAUGUCAACAUUAAAUCAUGCUCUUUAUCUCGAUCAUAUGUCUACAUCUGUAUGUAGCAACACUCAAGUCUGet precursor sequence | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CAACCGACCGACCGAAGA--| UG UU C U U AUGUCAAC ACAG GUGGG UGUGA CGA AUAA GGGC A UGUC CAUCU AUACU GCU UAUU CUCG U UCUGAACUCACAACGAUGUA^ UA GU A C U UACUAAAU . 110 100 90 80 70 60 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Eba-Mir-2001_5p |
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mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUGUGACCGAUAUAAUGGGC -20
Get sequence
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Star sequence | Eba-Mir-2001_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- UCUUUAUCUCGAUCAUAUGU -60
Get sequence
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