| MirGeneDB ID | Lgi-Mir-2001 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2001 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UGUGACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Owl limpet (Lottia gigantea) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | lgi-mir-2001 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-2001 Bge-Mir-2001-P1 Bge-Mir-2001-P2 Cbr-Mir-2001 Cel-Mir-2001 Csc-Mir-2001 Cte-Mir-2001-v1 Cte-Mir-2001-v2 Dan-Mir-2001 Dgr-Mir-2001 Dlo-Mir-2001-v1 Dlo-Mir-2001-v2 Dme-Mir-2001 Dmo-Mir-2001 Dsi-Mir-2001 Dya-Mir-2001 Eba-Mir-2001 Gpa-Mir-2001 Gsa-Mir-2001 Hme-Mir-2001 Hmi-Mir-2001 Hru-Mir-2001 Isc-Mir-2001 Lan-Mir-2001-P3 Lan-Mir-2001-P4 Lhy-Mir-2001 Llo-Mir-2001 Lpo-Mir-2001 Mgi-Mir-2001 Mom-Mir-2001 Npo-Mir-2001 Ofu-Mir-2001 Pau-Mir-2001 Pcr-Mir-2001 Pdu-Mir-2001 Pfl-Mir-2001 Pmi-Mir-2001 Pve-Mir-2001 Rph-Mir-2001 Sko-Mir-2001 Snu-Mir-2001 Spu-Mir-2001 Sro-Mir-2001 Tur-Mir-2001 War-Mir-2001 Xbo-Mir-2001 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Lotgi1) |
LOTGIsca_150: 486301-486357 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2001) |
Mir-252-P2
LOTGIsca_150: 483957-484016 [-]
Ensembl
Mir-252-P1 LOTGIsca_150: 486133-486191 [-] Ensembl Mir-2001 LOTGIsca_150: 486301-486357 [-] Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AACGAGACAAAAGUAGAUGUACCGUGACCUUUGUGACCGUUAUAAUGGGCAUUUAGAAUUGAAGUGCUCCUUAUUACGAUCAGAAGGGUCUCGUUCCUUUAUAUCAUCAUCAGAAGUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AACGAGACAAAAGUAGAUGUAC--| U G C U U UAGA CG GACCUUU UGA CGU AUAA GGGCAUU \ GC CUGGGAA ACU GCA UAUU CUCGUGA A UGAAGACUACUACUAUAUUUCCUU^ U G A U C AGUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Lgi-Mir-2001_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0009731 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUGUGACCGUUAUAAUGGGCAUU -23
Get sequence
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| Star sequence | Lgi-Mir-2001_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
34- UGCUCCUUAUUACGAUCAGAAGG -57
Get sequence
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