MirGeneDB ID | Pau-Mir-2001 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-2001 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGUGACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Horseshoe worm (Phoronis australis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Agr-Mir-2001 Bge-Mir-2001-P1 Bge-Mir-2001-P2 Cbr-Mir-2001 Cel-Mir-2001 Csc-Mir-2001 Cte-Mir-2001-v1 Cte-Mir-2001-v2 Dan-Mir-2001 Dgr-Mir-2001 Dlo-Mir-2001-v1 Dlo-Mir-2001-v2 Dme-Mir-2001 Dmo-Mir-2001 Dsi-Mir-2001 Dya-Mir-2001 Eba-Mir-2001 Gpa-Mir-2001 Gsa-Mir-2001 Hme-Mir-2001 Hmi-Mir-2001 Hru-Mir-2001 Isc-Mir-2001 Lan-Mir-2001-P3 Lan-Mir-2001-P4 Lgi-Mir-2001 Lhy-Mir-2001 Llo-Mir-2001 Lpo-Mir-2001 Mgi-Mir-2001 Mom-Mir-2001 Npo-Mir-2001 Ofu-Mir-2001 Pcr-Mir-2001 Pdu-Mir-2001 Pfl-Mir-2001 Pmi-Mir-2001 Pve-Mir-2001 Rph-Mir-2001 Sko-Mir-2001 Snu-Mir-2001 Spu-Mir-2001 Sro-Mir-2001 Tur-Mir-2001 War-Mir-2001 Xbo-Mir-2001 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Phoronis_australis_GCA_002633005) |
NMRA01000092.1: 873567-873625 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UACUAAGUAUGCCUACACUGACUUACGAUCAUGUGACCGUUGUAAUGGGCACUUCCUUUUAAAAUGUGCUCUCUACAACGUCCACAUGACCGUGAUGUCUGUUCCUCAACCACUCCCGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UACUAAGUAUGCCUACACU- -| A AC AU CUUCCUU GAC UUACG UCAUGUG CGUUGUA GGGCA \ CUG AGUGC AGUACAC GCAACAU CUCGU U AGCCCUCACCAACUCCUUGU U^ C CU CU GUAAAAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Pau-Mir-2001_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AUGUGACCGUUGUAAUGGGCA -21
Get sequence
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Star sequence | Pau-Mir-2001_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- CUCUCUACAACGUCCACAUGA -59
Get sequence
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