MirGeneDB ID | Gga-Mir-30-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-30 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUAAACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Chicken (Gallus gallus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gga-mir-30c-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Gga-Mir-30-P1a Gga-Mir-30-P1b Gga-Mir-30-P1d Gga-Mir-30-P2a Gga-Mir-30-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-30-P2d Ami-Mir-30-P2d Bta-Mir-30-P2d Cfa-Mir-30-P2d Cja-Mir-30-P2d Cli-Mir-30-P2d Cmi-Mir-30-P2d Cpi-Mir-30-P2d Cpo-Mir-30-P2d Dno-Mir-30-P2d Dre-Mir-30-P2d Eca-Mir-30-P2d Ete-Mir-30-P2d Gja-Mir-30-P2d Gmo-Mir-30-P2d Hsa-Mir-30-P2d Laf-Mir-30-P2d Lch-Mir-30-P2d Loc-Mir-30-P2d Mal-Mir-30-P2d Mdo-Mir-30-P2d Mml-Mir-30-P2d Mmr-Mir-30-P2d Mmu-Mir-30-P2d Mun-Mir-30-P2d Neu-Mir-30-P2d Oan-Mir-30-P2d Ocu-Mir-30-P2d Pab-Mir-30-P2d Pbv-Mir-30-P2d Rno-Mir-30-P2d Sha-Mir-30-P2d Spt-Mir-30-P2d Sto-Mir-30-P2d Tgu-Mir-30-P2d Tni-Mir-30-P2d Xla-Mir-30-P2d1 Xla-Mir-30-P2d2 Xtr-Mir-30-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Gallus_gallus.GRCg6a) |
23: 5080082-5080142 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-30-P2d) |
Mir-30-P1d
23: 5078861-5078924 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-30-P2d 23: 5080082-5080142 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUGACGUGGACCCUACCAUGCUGUAGCACGUGUAAACAUCCUACACUCUCAGCUGUGAACUCGAGGUGGCUGGGAGAGGAUUGUUUACGCCUUCUGCCAUGGAGUGAACAUCUGGUGAGCUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GUGACGUGGACCCUACCAUG A C--- -| ACA GUGAAC CUGU GCA GUGUAAAC AUCCU CUCUCAGCU \ GGUA CGU CGCAUUUG UAGGA GAGGGUCGG U UCGAGUGGUCUACAAGUGA- C CUUC U^ --- UGGAGC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Gga-Mir-30-P2d_5p |
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mirBase accession | MIMAT0001137 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGUAAACAUCCUACACUCUCAGCU -24
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-30c-5p miRDB: MIMAT0001137 |
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Star sequence | Gga-Mir-30-P2d_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0031105 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- CUGGGAGAGGAUUGUUUACGCC -61
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-30c-1-3p miRDB: MIMAT0031105 |