MirGeneDB ID | Eca-Mir-30-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-30 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUAAACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Horse (Equus caballus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | eca-mir-30c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Eca-Mir-30-P1a Eca-Mir-30-P1b Eca-Mir-30-P1d Eca-Mir-30-P2a Eca-Mir-30-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-30-P2d Ami-Mir-30-P2d Bta-Mir-30-P2d Cfa-Mir-30-P2d Cja-Mir-30-P2d Cli-Mir-30-P2d Cmi-Mir-30-P2d Cpi-Mir-30-P2d Cpo-Mir-30-P2d Dno-Mir-30-P2d Dre-Mir-30-P2d Ete-Mir-30-P2d Gga-Mir-30-P2d Gja-Mir-30-P2d Gmo-Mir-30-P2d Hsa-Mir-30-P2d Laf-Mir-30-P2d Lch-Mir-30-P2d Loc-Mir-30-P2d Mal-Mir-30-P2d Mdo-Mir-30-P2d Mml-Mir-30-P2d Mmr-Mir-30-P2d Mmu-Mir-30-P2d Mun-Mir-30-P2d Neu-Mir-30-P2d Oan-Mir-30-P2d Ocu-Mir-30-P2d Pab-Mir-30-P2d Pbv-Mir-30-P2d Rno-Mir-30-P2d Sha-Mir-30-P2d Spt-Mir-30-P2d Sto-Mir-30-P2d Tgu-Mir-30-P2d Tni-Mir-30-P2d Xla-Mir-30-P2d1 Xla-Mir-30-P2d2 Xtr-Mir-30-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_002863925.1_EquCab3.0) |
CM009149.1: 17480027-17480087 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-30-P2d) |
Mir-30-P2d
CM009149.1: 17480027-17480087 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-30-P1d CM009149.1: 17482949-17483012 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACCCUGAGGCUGUAACCAUGCUGUAGUGUGUGUAAACAUCCUACACUCUCAGCUGUGAGCUCAAGGUGGCUGGGAGAGGGUUGUUUACUCCUUCUGCCAUGGAAAGCGUCCACUGAAGAAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 ACCCUGAGGCUGUAACC----| CU UGUGU U ACA GUGAGC AUG GUAG GUAAACA CCU CUCUCAGCU \ UAC CGUC CAUUUGU GGG GAGGGUCGG U GAAGAAGUCACCUGCGAAAGG^ -- UUCCU U A-- UGGAAC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Eca-Mir-30-P2d_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0012915 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGUAAACAUCCUACACUCUCAGCU -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Eca-Mir-30-P2d_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- CUGGGAGAGGGUUGUUUACUCC -61
Get sequence
|