MirGeneDB ID | Sto-Mir-130-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-130 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGUGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cloudy Catshark (Scyliorhinus torazame) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Sto-Mir-130-P1a Sto-Mir-130-P1b Sto-Mir-130-P2a Sto-Mir-130-P2b Sto-Mir-130-P3a Sto-Mir-130-P3b Sto-Mir-130-P3c Sto-Mir-130-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-130-P1c Ami-Mir-130-P1c Bta-Mir-130-P1c Cfa-Mir-130-P1c Cja-Mir-130-P1c Cpi-Mir-130-P1c Cpo-Mir-130-P1c Dno-Mir-130-P1c Eca-Mir-130-P1c Ete-Mir-130-P1c Gja-Mir-130-P1c Hsa-Mir-130-P1c Laf-Mir-130-P1c Lch-Mir-130-P1c Mdo-Mir-130-P1c Mml-Mir-130-P1c Mmr-Mir-130-P1c Mmu-Mir-130-P1c Mun-Mir-130-P1c Neu-Mir-130-P1c Oan-Mir-130-P1c Ocu-Mir-130-P1c Pab-Mir-130-P1c Pbv-Mir-130-P1c Rno-Mir-130-P1c Sha-Mir-130-P1c Spt-Mir-130-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_003427355_STO_add) |
BFAA01048252.1: 1890-1948 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUUGACUGGUUGGUUCCCUCCCUGGCCAAUGCCCUUUUCAGGUUGUGCUACUGUGUAUAUUGGUAGGCAGUGCAAUAUUAAAGGGGCAUUGGACCGAGCGAGAUUAAGCCUCACCACCAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GUUGACUGGUUGGUUCCC C - -| CAG UG A GUGUAU UC CU GG CCAAUGCCCUUUU GUUG CU CU \ AG GA CC GGUUACGGGGAAA UAAC GA GG A ACCACCACUCCGAAUUAG C G A^ UUA GU C AUGGUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Sto-Mir-130-P1c_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GCCCUUUUCAGGUUGUGCUACUGUG -25
Get sequence
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Mature sequence | Sto-Mir-130-P1c_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- CAGUGCAAUAUUAAAGGGGCAU -59
Get sequence
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