MirGeneDB ID | Bta-Mir-146-P4-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-146 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGAGAAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cow (Bos taurus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | bta-mir-146a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Bta-Mir-146-P1 Bta-Mir-146-P4-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-146-P4 Cfa-Mir-146-P4 Cja-Mir-146-P4 Cli-Mir-146-P4 Cmi-Mir-146-P4 Cpi-Mir-146-P4 Cpo-Mir-146-P4 Dno-Mir-146-P4 Dre-Mir-146-P4-v1 Dre-Mir-146-P4-v2 Ebu-Mir-146 Eca-Mir-146-P4-v1 Eca-Mir-146-P4-v2 Gga-Mir-146-P4 Hsa-Mir-146-P4 Laf-Mir-146-P4 Lch-Mir-146-P4 Loc-Mir-146-P4 Mdo-Mir-146-P4 Mml-Mir-146-P4 Mmr-Mir-146-P4 Mmu-Mir-146-P4 Mun-Mir-146-P4 Neu-Mir-146-P4 Oan-Mir-146-P4 Ocu-Mir-146-P4 Pab-Mir-146-P4 Pma-Mir-146 Rno-Mir-146-P4 Sha-Mir-146-P4 Spt-Mir-146-P4 Sto-Mir-146-P4 Tgu-Mir-146-P4 Xla-Mir-146-P4 Xtr-Mir-146-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_002263795.1_ARS-UCD1.2_BTA) |
NC_037334.1: 72071567-72071625 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-146-P4-v2) |
Mir-146-P4-v2
NC_037334.1: 72071567-72071625 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-146-P4-v1 NC_037334.1: 72071568-72071625 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACUCUGGAAAGCCCAUGUGUAUCCUCAGCUUUGAGAACUGAAUUCCAUAGGUUGUGUCAGUGUCAGACCUGUGAAGUUUAGUUCUUUAGCUGGGAUAUCUCUAUCAUCCUAGAUUCGAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 ACUCUGGAAAGCCCAUGU---| U UU C GUGUC GUAUCC CAGCU GAGAACUGAAUU CAUAGGUU A UAUAGG GUCGA UUCUUGAUUUGA GUGUCCAG G GAGCUUAGAUCCUACUAUCUC^ - U- A ACUGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Bta-Mir-146-P4-v2_5p |
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mirBase accession | MIMAT0009236 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUGAGAACUGAAUUCCAUAGGUU -23
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: bta-miR-146a |
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Star sequence | Bta-Mir-146-P4-v2_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- CCUGUGAAGUUUAGUUCUUUAG -59
Get sequence
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