MirGeneDB ID | Eca-Mir-146-P4-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-146 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGAACU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Horse (Equus caballus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | eca-mir-146a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Eca-Mir-146-P1 Eca-Mir-146-P4-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-146-P4 Bta-Mir-146-P4-v1 Bta-Mir-146-P4-v2 Cfa-Mir-146-P4 Cja-Mir-146-P4 Cli-Mir-146-P4 Cmi-Mir-146-P4 Cpi-Mir-146-P4 Cpo-Mir-146-P4 Dno-Mir-146-P4 Dre-Mir-146-P4-v1 Dre-Mir-146-P4-v2 Ebu-Mir-146 Gga-Mir-146-P4 Hsa-Mir-146-P4 Laf-Mir-146-P4 Lch-Mir-146-P4 Loc-Mir-146-P4 Mdo-Mir-146-P4 Mml-Mir-146-P4 Mmr-Mir-146-P4 Mmu-Mir-146-P4 Mun-Mir-146-P4 Neu-Mir-146-P4 Oan-Mir-146-P4 Ocu-Mir-146-P4 Pab-Mir-146-P4 Pma-Mir-146 Rno-Mir-146-P4 Sha-Mir-146-P4 Spt-Mir-146-P4 Sto-Mir-146-P4 Tgu-Mir-146-P4 Xla-Mir-146-P4 Xtr-Mir-146-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_002863925.1_EquCab3.0) |
CM009161.1: 18375050-18375107 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-146-P4-v1) |
Mir-146-P4-v1
CM009161.1: 18375050-18375107 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-146-P4-v2 CM009161.1: 18375050-18375108 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CGCUGGAAAGCCUGUGUGUAUCCUCAGCUUUGAGAACUGAAUUCCAUGGGUUGUGUCAGCGUCAGACCUGUGAAGUUCAGUUCUUCAGCUGGGAUAUCUCUGUCAUCGUGGACUCAGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CGCUGGAAAGCCUGUGU----| U UU C GUGUC GUAUCC CAGCU GAGAACUGAAUU CAUGGGUU A UAUAGG GUCGA UUCUUGACUUGA GUGUCCAG G GGACUCAGGUGCUACUGUCUC^ - C- A ACUGC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Eca-Mir-146-P4-v1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0013065 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGAACUGAAUUCCAUGGGUU -22
Get sequence
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Star sequence | Eca-Mir-146-P4-v1_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- CCUGUGAAGUUCAGUUCUUCAG -58
Get sequence
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