MirGeneDB ID | Mmr-Mir-146-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-146 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGAACU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Gray mouse lemur (Microcebus murinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mmr-mir-146a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mmr-Mir-146-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-146-P4 Bta-Mir-146-P4-v1 Bta-Mir-146-P4-v2 Cfa-Mir-146-P4 Cja-Mir-146-P4 Cli-Mir-146-P4 Cmi-Mir-146-P4 Cpi-Mir-146-P4 Cpo-Mir-146-P4 Dno-Mir-146-P4 Dre-Mir-146-P4-v1 Dre-Mir-146-P4-v2 Ebu-Mir-146 Eca-Mir-146-P4-v1 Eca-Mir-146-P4-v2 Gga-Mir-146-P4 Hsa-Mir-146-P4 Laf-Mir-146-P4 Lch-Mir-146-P4 Loc-Mir-146-P4 Mdo-Mir-146-P4 Mml-Mir-146-P4 Mmu-Mir-146-P4 Mun-Mir-146-P4 Neu-Mir-146-P4 Oan-Mir-146-P4 Ocu-Mir-146-P4 Pab-Mir-146-P4 Pma-Mir-146 Rno-Mir-146-P4 Sha-Mir-146-P4 Spt-Mir-146-P4 Sto-Mir-146-P4 Tgu-Mir-146-P4 Xla-Mir-146-P4 Xtr-Mir-146-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_000165445.3_Mmur_3.0_genomic) |
CM007683.1: 22147110-22147166 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUCUGGAGAGCCUGUGUGUAUCCUCAGCUUUGAGAACUGAAUUCCAUGGGUUGUGUCAGUGUCAGACCUGUGAAUUUCAGUUCUUCAGCUGGGAUAUCUCUGUCGUCGUGGGCUUGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CUCUGGAGAGCCUGUGU---| U UU UUC GUGUC GUAUCC CAGCU GAGAACUGAA CAUGGGUU A UAUAGG GUCGA UUCUUGACUU GUGUCCAG G AGUUCGGGUGCUGCUGUCUC^ - C- UAA ACUGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | There is a second Dicer cut +1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Mmr-Mir-146-P4_5p |
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mirBase accession | MIMAT0049129 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGAACUGAAUUCCAUGGGUU -22
Get sequence
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Star sequence | Mmr-Mir-146-P4_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- CCUGUGAAUUUCAGUUCUUCA -57
Get sequence
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