MirGeneDB ID | Sto-Mir-146-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-146 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGAACU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cloudy Catshark (Scyliorhinus torazame) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Sto-Mir-146-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-146-P4 Bta-Mir-146-P4-v1 Bta-Mir-146-P4-v2 Cfa-Mir-146-P4 Cja-Mir-146-P4 Cli-Mir-146-P4 Cmi-Mir-146-P4 Cpi-Mir-146-P4 Cpo-Mir-146-P4 Dno-Mir-146-P4 Dre-Mir-146-P4-v1 Dre-Mir-146-P4-v2 Ebu-Mir-146 Eca-Mir-146-P4-v1 Eca-Mir-146-P4-v2 Gga-Mir-146-P4 Hsa-Mir-146-P4 Laf-Mir-146-P4 Lch-Mir-146-P4 Loc-Mir-146-P4 Mdo-Mir-146-P4 Mml-Mir-146-P4 Mmr-Mir-146-P4 Mmu-Mir-146-P4 Mun-Mir-146-P4 Neu-Mir-146-P4 Oan-Mir-146-P4 Ocu-Mir-146-P4 Pab-Mir-146-P4 Pma-Mir-146 Rno-Mir-146-P4 Sha-Mir-146-P4 Spt-Mir-146-P4 Tgu-Mir-146-P4 Xla-Mir-146-P4 Xtr-Mir-146-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_003427355_STO_add) |
BFAA01000071.1: 1362635-1362698 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUUCAGACUGAUGCAAGUUGCCCCCAGCUGUGAGAACUGAAUUCCAUGAGUUGUUCGAGCUACUGUUUCUCAGCCCAUGGUUCUCAGUUCUGCAGCUUGGAAGCAUUUUAUGUCUAAUGGGUGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CUUCAGACUGAUGCAAGU- CC -| G AUU A UUCGAGCU UGC CC AGCUGU AGAACUGA CCAUG GUUG \ ACG GG UCGACG UCUUGACU GGUAC CGAC A AGUGGGUAAUCUGUAUUUU AA U^ - CUU C UCUUUGUC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Sto-Mir-146-P4_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGAACUGAAUUCCAUGAGUUG -23
Get sequence
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Star sequence | Sto-Mir-146-P4_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
42- GCCCAUGGUUCUCAGUUCUGCA -64
Get sequence
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