MirGeneDB ID | Bta-Mir-221-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-221 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GCUACAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cow (Bos taurus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | bta-mir-222 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Bta-Mir-221-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-221-P1a Ami-Mir-221-P1a Cfa-Mir-221-P1a Cja-Mir-221-P1a1 Cja-Mir-221-P1a2 Cli-Mir-221-P1a Cmi-Mir-221-P1a Cpi-Mir-221-P1a Cpo-Mir-221-P1a Dno-Mir-221-P1a Dre-Mir-221-P1a1 Eca-Mir-221-P1a Ete-Mir-221-P1a Gga-Mir-221-P1a Gja-Mir-221-P1a Gmo-Mir-221-P1a1 Gmo-Mir-221-P1a2 Hsa-Mir-221-P1a Laf-Mir-221-P1a Lch-Mir-221-P1a Loc-Mir-221-P1a Mal-Mir-221-P1a1 Mal-Mir-221-P1a2 Mdo-Mir-221-P1a Mml-Mir-221-P1a Mmr-Mir-221-P1a Mmu-Mir-221-P1a Mun-Mir-221-P1a Neu-Mir-221-P1a Oan-Mir-221-P1a Ocu-Mir-221-P1a Pab-Mir-221-P1a Pbv-Mir-221-P1a Rno-Mir-221-P1a Sha-Mir-221-P1a Spt-Mir-221-P1a Sto-Mir-221-P1a Tgu-Mir-221-P1a Tni-Mir-221-P1a1 Xla-Mir-221-P1a3 Xla-Mir-221-P1a4 Xtr-Mir-221-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_002263795.1_ARS-UCD1.2_BTA) |
NC_037357.1: 98125949-98126012 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-221-P1a) |
Mir-221-P1a
NC_037357.1: 98125949-98126012 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-221-P2a NC_037357.1: 98126639-98126701 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UAGCUGCUGGAAUGUGUAGGUACCCUCAAUGGCUCAGUAGCCAGUGUAGAUCCUGUCUUUUGUAAUCAGUAGCUACAUCUGGCUACUGGGUCUCUGAUGGCAUCUUCUACCUUCAGUUACUGUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UAGCUGCUGGAAUGUGU-- A C AU -| AUCCUGUCUUU AGGU CC UCA GGCUCAGUAGCCAG UGUAG \ UCUA GG AGU CUGGGUCAUCGGUC ACAUC U GUGUCAUUGACUUCCAUCU C U CU U^ GAUGACUAAUG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Bta-Mir-221-P1a_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGCUCAGUAGCCAGUGUAGAUCC -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Bta-Mir-221-P1a_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0003530 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- AGCUACAUCUGGCUACUGGGUCUC -64
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: bta-miR-222 |