MirGeneDB ID | Eca-Mir-221-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-221 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GCUACAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Horse (Equus caballus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | eca-mir-222 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Eca-Mir-221-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-221-P1a Ami-Mir-221-P1a Bta-Mir-221-P1a Cfa-Mir-221-P1a Cja-Mir-221-P1a1 Cja-Mir-221-P1a2 Cli-Mir-221-P1a Cmi-Mir-221-P1a Cpi-Mir-221-P1a Cpo-Mir-221-P1a Dno-Mir-221-P1a Dre-Mir-221-P1a1 Ete-Mir-221-P1a Gga-Mir-221-P1a Gja-Mir-221-P1a Gmo-Mir-221-P1a1 Gmo-Mir-221-P1a2 Hsa-Mir-221-P1a Laf-Mir-221-P1a Lch-Mir-221-P1a Loc-Mir-221-P1a Mal-Mir-221-P1a1 Mal-Mir-221-P1a2 Mdo-Mir-221-P1a Mml-Mir-221-P1a Mmr-Mir-221-P1a Mmu-Mir-221-P1a Mun-Mir-221-P1a Neu-Mir-221-P1a Oan-Mir-221-P1a Ocu-Mir-221-P1a Pab-Mir-221-P1a Pbv-Mir-221-P1a Rno-Mir-221-P1a Sha-Mir-221-P1a Spt-Mir-221-P1a Sto-Mir-221-P1a Tgu-Mir-221-P1a Tni-Mir-221-P1a1 Xla-Mir-221-P1a3 Xla-Mir-221-P1a4 Xtr-Mir-221-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_002863925.1_EquCab3.0) |
CM009179.1: 38514693-38514756 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-221-P1a) |
Mir-221-P2a
CM009179.1: 38513919-38513982 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-221-P1a CM009179.1: 38514693-38514756 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UAGCUGCUGGAAAGUGUAGGUACCCUCAAUGGCUCAGUAGCCAGUGUAGAUCCUGUCUUUUGUAAUCAGCAGCUACAUCUGGCUACUGGGUCUCUGAUGGCAUCUUCUAGCUUCUGUUACAGUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UAGCUGCUGGAAAGUGU-- A C AU -| AUCCUGUCUUU AGGU CC UCA GGCUCAGUAGCCAG UGUAG \ UCUA GG AGU CUGGGUCAUCGGUC ACAUC U GUGACAUUGUCUUCGAUCU C U CU U^ GACGACUAAUG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Eca-Mir-221-P1a_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGCUCAGUAGCCAGUGUAGAUCC -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Eca-Mir-221-P1a_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0013204 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- AGCUACAUCUGGCUACUGGGUCUC -64
Get sequence
|