MirGeneDB ID | Cja-Mir-154-P22 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-154 (all species) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUUGAUC | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cja-Mir-154-P1 Cja-Mir-154-P2 Cja-Mir-154-P3 Cja-Mir-154-P4 Cja-Mir-154-P5 Cja-Mir-154-P6a Cja-Mir-154-P6b Cja-Mir-154-P7 Cja-Mir-154-P8a Cja-Mir-154-P9 Cja-Mir-154-P10 Cja-Mir-154-P11 Cja-Mir-154-P12 Cja-Mir-154-P14 Cja-Mir-154-P16a Cja-Mir-154-P16b Cja-Mir-154-P17 Cja-Mir-154-P18 Cja-Mir-154-P19 Cja-Mir-154-P20 Cja-Mir-154-P21 Cja-Mir-154-P23 Cja-Mir-154-P24 Cja-Mir-154-P25 Cja-Mir-154-P26 Cja-Mir-154-P28 Cja-Mir-154-P29 Cja-Mir-154-P30 Cja-Mir-154-P31 Cja-Mir-154-P32 Cja-Mir-154-P33 Cja-Mir-154-P34 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-154-P22 Cfa-Mir-154-P22 Cpo-Mir-154-P22 Dno-Mir-154-P22 Eca-Mir-154-P22 Ete-Mir-154-P22 Laf-Mir-154-P22 Mmr-Mir-154-P22 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021924.1: 131866453-131866506 [+] UCSC Ensembl | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CAGGGCCCUGUACGUGAUAGGGGAAUGGAUGGUUGAUCAGAGAACGUGCAUUUUACAAACGAUGCAUGUCAACUGAUCCACAGUCCCUACCUAUCCAGUGACUUCUCUGGAGGCGet precursor sequence | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CAGGGCCCUGUACGUGA----| GGAAU G U AGA UUA UAGG GGAU GU GAUCAG ACGUGCAUU C AUCC CCUG CA CUAGUC UGUACGUAG A CGGAGGUCUCUUCAGUGACCU^ AUC-- A C AAC CAA 110 100 90 80 70 60 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cja-Mir-154-P22_5p (predicted) |
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mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGUUGAUCAGAGAACGUGCAUU -22
Get sequence
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Star sequence | Cja-Mir-154-P22_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
32- UGCAUGUCAACUGAUCCACAGU -54
Get sequence
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