| MirGeneDB ID | Gmo-Mir-181-P2c1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-181 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | ACAUUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | gmo-mir-181d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gmo-Mir-181-P1a1 Gmo-Mir-181-P1b2 Gmo-Mir-181-P1c1 Gmo-Mir-181-P1c2 Gmo-Mir-181-P2a1 Gmo-Mir-181-P2b2 Gmo-Mir-181-P2c2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-181-P2c Ami-Mir-181-P2c Bta-Mir-181-P2c Cfa-Mir-181-P2c Cja-Mir-181-P2c Cmi-Mir-181-P2c Cpi-Mir-181-P2c Dno-Mir-181-P2c Dre-Mir-181-P2c1 Eca-Mir-181-P2c Ete-Mir-181-P2c Hsa-Mir-181-P2c Laf-Mir-181-P2c Lch-Mir-181-P2c Loc-Mir-181-P2c Mal-Mir-181-P2c1 Mdo-Mir-181-P2c Mml-Mir-181-P2c Mmr-Mir-181-P2c Mmu-Mir-181-P2c Mun-Mir-181-P2c Neu-Mir-181-P2c Oan-Mir-181-P2c Ocu-Mir-181-P2c Pab-Mir-181-P2c Pbv-Mir-181-P2c Rno-Mir-181-P2c Sha-Mir-181-P2c Sto-Mir-181-P2c Tni-Mir-181-P2c1-v1 Tni-Mir-181-P2c1-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
GeneScaffold_3660: 366860-366920 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-181-P2c1) |
Mir-181-P2c1
GeneScaffold_3660: 366860-366920 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-181-P1c1 GeneScaffold_3660: 367221-367286 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGCUAACCGAAAGGAGCAAGGGUCACAAUCAACAUUCAUUGCUGUCGCUGGGUUGGACUGUGUGGAAAAGCUCACUGAACAAUGAGUGCAACUGUGGCCCAGAUCUGCCUUACUCUCGUGUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGCUAACCGAAAGGAGCAA--| AUCAA CUG C GGACUG GGGUCACA CAUUCAUUG UCG UGGGUU U CCCGGUGU GUGAGUAAC AGU ACUCGA G UGUGCUCUCAUUCCGUCUAGA^ CAAC- A-- C AAAGGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Gmo-Mir-181-P2c1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0044234 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AACAUUCAUUGCUGUCGCUGGGUU -24
Get sequence
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| Star sequence | Gmo-Mir-181-P2c1_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- CUCACUGAACAAUGAGUGCAA -61
Get sequence
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