MirGeneDB ID | Cfa-Mir-181-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-181 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACAUUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-181d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cfa-Mir-181-P1a Cfa-Mir-181-P1b Cfa-Mir-181-P1c Cfa-Mir-181-P2a Cfa-Mir-181-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-181-P2c Ami-Mir-181-P2c Bta-Mir-181-P2c Cmi-Mir-181-P2c Cpi-Mir-181-P2c Dno-Mir-181-P2c Dre-Mir-181-P2c1 Dre-Mir-181-P2c2 Ete-Mir-181-P2c Gmo-Mir-181-P2c1 Gmo-Mir-181-P2c2 Hsa-Mir-181-P2c Lch-Mir-181-P2c Loc-Mir-181-P2c Mal-Mir-181-P2c1 Mal-Mir-181-P2c2 Mdo-Mir-181-P2c Mml-Mir-181-P2c Mmu-Mir-181-P2c Mun-Mir-181-P2c Oan-Mir-181-P2c Ocu-Mir-181-P2c Pbv-Mir-181-P2c Rno-Mir-181-P2c Sha-Mir-181-P2c Spt-Mir-181-P2c3 Spt-Mir-181-P2c4 Sto-Mir-181-P2c Tni-Mir-181-P2c1-v1 Tni-Mir-181-P2c1-v2 Tni-Mir-181-P2c2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chr20: 48593159-48593221 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-181-P2c) |
Mir-181-P2c
chr20: 48593159-48593221 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-181-P1c chr20: 48593343-48593403 [-] UCSC Ensembl Mir-23-P3 chr20: 48620332-48620390 [+] UCSC Ensembl Mir-27-P3 chr20: 48620555-48620616 [+] UCSC Ensembl Mir-24-P3 chr20: 48620685-48620744 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUCCAUUAGGCCACAGCGAAGGUCACAAUCAACAUUCAUUGUUGUCGGUGGGUUGUGAGGACGGAGGCCAGACCCACCGAGGGAUGAAUGUCACUGUGGCUGGGCCAGACAUAGCCUGAGGGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CUCCAUUAGGCCACAGCGAA--| AUCA G UG GUGAGGA GGUCACA ACAUUCAUU U UCGGUGGGUU C UCGGUGU UGUAAGUAG G AGCCACCCAG G GGGGAGUCCGAUACAGACCGGG^ CAC- G -- ACCGGAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cfa-Mir-181-P2c_5p |
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mirBase accession | MIMAT0006636 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AACAUUCAUUGUUGUCGGUGGGUU -24
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-181d miRDB: MIMAT0006636 |
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Star sequence | Cfa-Mir-181-P2c_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
42- CCCACCGAGGGAUGAAUGUCA -63
Get sequence
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