MirGeneDB ID | Mmu-Mir-181-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-181 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACAUUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mmu-mir-181d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mmu-Mir-181-P1a Mmu-Mir-181-P1b Mmu-Mir-181-P1c Mmu-Mir-181-P2a Mmu-Mir-181-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-181-P2c Ami-Mir-181-P2c Bta-Mir-181-P2c Cfa-Mir-181-P2c Cja-Mir-181-P2c Cmi-Mir-181-P2c Cpi-Mir-181-P2c Dno-Mir-181-P2c Dre-Mir-181-P2c1 Dre-Mir-181-P2c2 Eca-Mir-181-P2c Ete-Mir-181-P2c Gmo-Mir-181-P2c1 Gmo-Mir-181-P2c2 Hsa-Mir-181-P2c Laf-Mir-181-P2c Lch-Mir-181-P2c Loc-Mir-181-P2c Mal-Mir-181-P2c1 Mal-Mir-181-P2c2 Mdo-Mir-181-P2c Mml-Mir-181-P2c Mmr-Mir-181-P2c Mun-Mir-181-P2c Neu-Mir-181-P2c Oan-Mir-181-P2c Ocu-Mir-181-P2c Pab-Mir-181-P2c Pbv-Mir-181-P2c Rno-Mir-181-P2c Sha-Mir-181-P2c Spt-Mir-181-P2c3 Spt-Mir-181-P2c4 Sto-Mir-181-P2c Tni-Mir-181-P2c1-v1 Tni-Mir-181-P2c1-v2 Tni-Mir-181-P2c2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (mm10) |
chr8: 84178720-84178781 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-181-P2c) |
Mir-181-P2c
chr8: 84178720-84178781 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-181-P1c chr8: 84178885-84178945 [-] UCSC Ensembl Mir-23-P3 chr8: 84208527-84208585 [+] UCSC Ensembl Mir-27-P3 chr8: 84208685-84208747 [+] UCSC Ensembl Mir-24-P3 chr8: 84208839-84208896 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUGCCUCAGGCCACAGCAAAGGUCACAAUUAACAUUCAUUGUUGUCGGUGGGUUGUGAGGAGGCAGCCAGACCCACCGGGGGAUGAAUGUCACUGUGGCUGGGCCAAACAACACCAUCAGGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CUGCCUCAGGCCACAGCAAA--| AUUA G UG GUGAGGA GGUCACA ACAUUCAUU U UCGGUGGGUU \ UCGGUGU UGUAAGUAG G GGCCACCCAG G GGGACUACCACAACAAACCGGG^ CAC- G -- ACCGACG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Mmu-Mir-181-P2c_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0004324 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AACAUUCAUUGUUGUCGGUGGGUU -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004324 TargetScanVert: mmu-miR-181d-5p miRDB: MIMAT0004324 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Mmu-Mir-181-P2c_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0017264 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
42- CCACCGGGGGAUGAAUGUCA -62
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-181d-3p miRDB: MIMAT0017264 |