MirGeneDB ID | Snu-Mir-10-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-10 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAAGCUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Peanut worm (Sipunculus nudus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Snu-Mir-10-P1 Snu-Mir-10-P2 Snu-Mir-10-P3 Snu-Mir-10-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-10-P4 Adi-Mir-10 Aga-Mir-10-P4 Asp-Mir-10 Asu-Mir-10-P4 Ava-Mir-10-P4 Bge-Mir-10-P4 Bko-Mir-10-P4o1 Bko-Mir-10-P4o2 Bpl-Mir-10-P4 Csc-Mir-10-P4q Csc-Mir-10-P4r Cte-Mir-10-P4 Dan-Mir-10-P4 Dgr-Mir-10-P4 Dlo-Mir-10-P4-v1 Dlo-Mir-10-P4-v2 Dma-Mir-10-P4 Dme-Mir-10-P4 Dmo-Mir-10-P4 Dpu-Mir-10-P4 Dsi-Mir-10-P4 Dya-Mir-10-P4 Efe-Mir-10-P4a Efe-Mir-10-P4b Efe-Mir-10-P4c Gpa-Mir-10-P4 Gsa-Mir-10-P4 Hme-Mir-10-P4 Isc-Mir-10-P4 Lan-Mir-10-P4d Lan-Mir-10-P4e Llo-Mir-10-P4-v1 Llo-Mir-10-P4-v2 Lpo-Mir-10-P4j Lpo-Mir-10-P4k Lpo-Mir-10-P4l Lpo-Mir-10-P4m Lpo-Mir-10-P4n Nve-Mir-10 Ofu-Mir-10-P4 Pca-Mir-10-P4 Pcr-Mir-10-P4s1 Pcr-Mir-10-P4s2 Pcr-Mir-10-P4t Pdu-Mir-10-P4 Pdu-Mir-10-P4-as Tca-Mir-10-P4 Tur-Mir-10-P4u Tur-Mir-10-P4v Tur-Mir-10-P4w | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eumetazoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_026874595.1_ASM2687459v1_Sipunculus_nudus) |
CM049317.1: 56712324-56712380 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CACAUGCCAACAAGACCACACCCCGCAUGUACCCUGUAGACCCGGGUUUGUGUCUCCUUCUAAACAGAAGCUCGACUCUACAGGUAUUUAUCGGGUGUGUUUACAGCAUAGAAGCUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CACAUGCCAACAAGACCA - CAU-| C CC G CUCC CAC CCCG GUACC UGUAGA CGGGUUU UGU U GUG GGGC UAUGG ACAUCU GCUCGAA ACA U CUCGAAGAUACGACAUUU U UAUU^ - CA G AAUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Snu-Mir-10-P4_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACCCUGUAGACCCGGGUUUGUGU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Snu-Mir-10-P4_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- AGAAGCUCGACUCUACAGGUAU -57
Get sequence
|