MirGeneDB ID | Tur-Mir-10-P4w | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-10 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACCCUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Two-spotted spider mite (Tetranychus urticae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | tur-mir-993a-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Tur-Mir-10-P1y Tur-Mir-10-P1z-v1 Tur-Mir-10-P1z-v2 Tur-Mir-10-P2 Tur-Mir-10-P4u Tur-Mir-10-P4v | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-10-P4 Adi-Mir-10 Aga-Mir-10-P4 Asp-Mir-10 Asu-Mir-10-P4 Ava-Mir-10-P4 Bge-Mir-10-P4 Bpl-Mir-10-P4 Cte-Mir-10-P4 Dan-Mir-10-P4 Dgr-Mir-10-P4 Dlo-Mir-10-P4-v1 Dlo-Mir-10-P4-v2 Dma-Mir-10-P4 Dme-Mir-10-P4 Dmo-Mir-10-P4 Dpu-Mir-10-P4 Dsi-Mir-10-P4 Dya-Mir-10-P4 Gpa-Mir-10-P4 Gsa-Mir-10-P4 Hme-Mir-10-P4 Isc-Mir-10-P4 Llo-Mir-10-P4-v1 Llo-Mir-10-P4-v2 Nve-Mir-10 Ofu-Mir-10-P4 Pca-Mir-10-P4 Pdu-Mir-10-P4 Pdu-Mir-10-P4-as Snu-Mir-10-P4 Tca-Mir-10-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | T. urticae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eumetazoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_000239435.1_ASM23943v1_genomic_TUR_traces) |
HE587311.1: 2464812-2464873 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-10-P4w) |
Mir-10-P4w
HE587311.1: 2464812-2464873 [-]
Ensembl
Mir-10-P4v HE587311.1: 2465365-2465427 [-] Ensembl Mir-10-P4u HE587311.1: 2466151-2466214 [-] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUUGUUUAAUGCUGGAAGCCAUUAGCGAGUUACCCUGUAGACCCGGGCUUUUGUAGACCCGAAAGAGUCAGAAGCUCGUUUCUACAGGUUUCUCGAUGAUGUGUGCCACUCUCAACCCAGCAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CUUGUUUAAUGCUGGAA- -| G UU C CC UAGACCC GC CAUUA CGAG ACC UGUAGA CGGGCUUUUG \ UG GUAGU GCUC UGG ACAUCU GCUCGAAGAC G ACGACCCAACUCUCACCG U^ A UU - UU UGAGAAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comment | There is a second Drosha cut _1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Tur-Mir-10-P4w_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0023058 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UACCCUGUAGACCCGGGCUUUUG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Co-mature sequence | Tur-Mir-10-P4w_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0023059 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- GAAGCUCGUUUCUACAGGUUUC -62
Get sequence
|