| MirGeneDB ID | Tur-Mir-10-P4v | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-10 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | ACCCUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Two-spotted spider mite (Tetranychus urticae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tur-mir-993a-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tur-Mir-10-P1y Tur-Mir-10-P1z-v1 Tur-Mir-10-P1z-v2 Tur-Mir-10-P2 Tur-Mir-10-P4u Tur-Mir-10-P4w | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-10-P4 Adi-Mir-10 Aga-Mir-10-P4 Asp-Mir-10 Asu-Mir-10-P4 Ava-Mir-10-P4 Bge-Mir-10-P4 Bpl-Mir-10-P4 Cte-Mir-10-P4 Dan-Mir-10-P4 Dgr-Mir-10-P4 Dlo-Mir-10-P4-v1 Dlo-Mir-10-P4-v2 Dma-Mir-10-P4 Dme-Mir-10-P4 Dmo-Mir-10-P4 Dpu-Mir-10-P4 Dsi-Mir-10-P4 Dya-Mir-10-P4 Gpa-Mir-10-P4 Gsa-Mir-10-P4 Hme-Mir-10-P4 Isc-Mir-10-P4 Llo-Mir-10-P4-v1 Llo-Mir-10-P4-v2 Nve-Mir-10 Ofu-Mir-10-P4 Pca-Mir-10-P4 Pdu-Mir-10-P4 Pdu-Mir-10-P4-as Snu-Mir-10-P4 Tca-Mir-10-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | T. urticae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eumetazoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000239435.1_ASM23943v1_genomic_TUR_traces) |
HE587311.1: 2465365-2465427 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-10-P4v) |
Mir-10-P4w
HE587311.1: 2464812-2464873 [-]
Ensembl
Mir-10-P4v HE587311.1: 2465365-2465427 [-] Ensembl Mir-10-P4u HE587311.1: 2466151-2466214 [-] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGUUUUUAUCGAUCUGCGCCAUUAGCGAGUUACCCUGUAGACCCGGGCUUUUGUAGACCCGUAAAGAGUCAGAAGCUCGUUUCUACAGGUUUCCCGAUAAUGUGCCUUCCAUCAAUGCUCAUAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GGUUUUUAUCGAUCUGC- -| G AGUUAC CC UAGACCC GC CAUUA CG CCUGUAGA CGGGCUUUUG G CG GUAAU GC GGACAUCU GCUCGAAGAC U AUACUCGUAACUACCUUC U^ A CCUUU- UU UGAGAAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comment | There is a second Drosha cut _1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Tur-Mir-10-P4v_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0023058 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UACCCUGUAGACCCGGGCUUUUG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Co-mature sequence | Tur-Mir-10-P4v_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0023059 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- GAAGCUCGUUUCUACAGGUUUC -63
Get sequence
|
