| MirGeneDB ID | Cte-Mir-10-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-10 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GAAGCUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Polychaete worm (Capitella teleta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cte-mir-993 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cte-Mir-10-P1 Cte-Mir-10-P2 Cte-Mir-10-P3 Cte-Mir-10-P5 Cte-Mir-10-P6 Cte-Mir-10-P7 Cte-Mir-10-P7-as Cte-Mir-10-P8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-10-P4 Adi-Mir-10 Aga-Mir-10-P4 Asp-Mir-10 Asu-Mir-10-P4 Ava-Mir-10-P4 Bge-Mir-10-P4 Bko-Mir-10-P4o1 Bko-Mir-10-P4o2 Bpl-Mir-10-P4 Csc-Mir-10-P4q Csc-Mir-10-P4r Dan-Mir-10-P4 Dgr-Mir-10-P4 Dlo-Mir-10-P4-v1 Dlo-Mir-10-P4-v2 Dma-Mir-10-P4 Dme-Mir-10-P4 Dmo-Mir-10-P4 Dpu-Mir-10-P4 Dsi-Mir-10-P4 Dya-Mir-10-P4 Efe-Mir-10-P4a Efe-Mir-10-P4b Efe-Mir-10-P4c Gpa-Mir-10-P4 Gsa-Mir-10-P4 Hme-Mir-10-P4 Isc-Mir-10-P4 Lan-Mir-10-P4d Lan-Mir-10-P4e Llo-Mir-10-P4-v1 Llo-Mir-10-P4-v2 Lpo-Mir-10-P4j Lpo-Mir-10-P4k Lpo-Mir-10-P4l Lpo-Mir-10-P4m Lpo-Mir-10-P4n Nve-Mir-10 Ofu-Mir-10-P4 Pca-Mir-10-P4 Pcr-Mir-10-P4s1 Pcr-Mir-10-P4s2 Pcr-Mir-10-P4t Pdu-Mir-10-P4 Pdu-Mir-10-P4-as Snu-Mir-10-P4 Tca-Mir-10-P4 Tur-Mir-10-P4u Tur-Mir-10-P4v Tur-Mir-10-P4w | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eumetazoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Capitella_teleta_v1.0) |
CAPTEscaffold_70: 218590-218651 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-10-P4) |
Mir-10-P4
CAPTEscaffold_70: 218590-218651 [+]
Ensembl
Mir-10-P1 CAPTEscaffold_70: 265131-265196 [-] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CAUCGAUGUUCCCGUUCACAUUCCGCAUGUACCCUGUAGACCCGGGUUUAUGUGUUCAUGUUUAACUUACAGAAGCUCUGUUCUACAGGUAUAUUUUGAAUGUGCUAACACCUAAUCCGUUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CAUCGAUGUUCCCGUUC--| CGC C CCC A GUUCAUG ACAUUC AUGUACC UGUAGA GGGUUU UGU \ UGUAAG UAUAUGG ACAUCU CUCGAA ACA U GUUGCCUAAUCCACAAUCG^ UUU - UGU G UUCAAUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Cte-Mir-10-P4_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACCCUGUAGACCCGGGUUUAUGU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Cte-Mir-10-P4_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0013529 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- AGAAGCUCUGUUCUACAGGUAU -62
Get sequence
|
