MirGeneDB ID | Cte-Mir-10-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-10 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAAGCUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Polychaete worm (Capitella teleta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cte-mir-993 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cte-Mir-10-P1 Cte-Mir-10-P2 Cte-Mir-10-P3 Cte-Mir-10-P5 Cte-Mir-10-P6 Cte-Mir-10-P7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-10-P4 Asu-Mir-10-P4 Bge-Mir-10-P4 Bpl-Mir-10-P4 Csc-Mir-10-P4q Csc-Mir-10-P4r Dan-Mir-10-P4 Dma-Mir-10-P4 Dme-Mir-10-P4 Dmo-Mir-10-P4 Dpu-Mir-10-P4 Dsi-Mir-10-P4 Dya-Mir-10-P4 Efe-Mir-10-P4a Efe-Mir-10-P4b Efe-Mir-10-P4c Hme-Mir-10-P4 Isc-Mir-10-P4 Lan-Mir-10-P4d Lan-Mir-10-P4e Lpo-Mir-10-P4j Lpo-Mir-10-P4k Lpo-Mir-10-P4l Lpo-Mir-10-P4m Lpo-Mir-10-P4n Nve-Mir-10 Tca-Mir-10-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eumetazoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Capitella_teleta_v1.0) |
CAPTEscaffold_70: 218590-218651 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-10-P4) |
Mir-10-P4
CAPTEscaffold_70: 218590-218651 [+]
Ensembl
Mir-10-P1 CAPTEscaffold_70: 265131-265196 [-] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CAUCGAUGUUCCCGUUCACAUUCCGCAUGUACCCUGUAGACCCGGGUUUAUGUGUUCAUGUUUAACUUACAGAAGCUCUGUUCUACAGGUAUAUUUUGAAUGUGCUAACACCUAAUCCGUUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CAUCGAUGUUCCCGUUC--| CGC C CCC A GUUCAUG ACAUUC AUGUACC UGUAGA GGGUUU UGU \ UGUAAG UAUAUGG ACAUCU CUCGAA ACA U GUUGCCUAAUCCACAAUCG^ UUU - UGU G UUCAAUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Cte-Mir-10-P4_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACCCUGUAGACCCGGGUUUAUGU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Cte-Mir-10-P4_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0013529 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- AGAAGCUCUGUUCUACAGGUAU -62
Get sequence
|