MirGeneDB ID | Gsp-Mir-1993 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-1993 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUUAUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Montseny horsehair worm (Gordionus sp.) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Agr-Mir-1993 Ava-Mir-1993-P10 Ava-Mir-1993-P11 Bko-Mir-1993 Bpl-Mir-1993 Cbr-Mir-1993 Cel-Mir-1993 Csc-Mir-1993 Cte-Mir-1993 Dgr-Mir-1993 Dma-Mir-1993 Dpu-Mir-1993 Eba-Mir-1993 Efe-Mir-1993-P1 Efe-Mir-1993-P2 Egr-Mir-1993 Esc-Mir-1993 Gsa-Mir-1993 Hru-Mir-1993 Isc-Mir-1993 Lan-Mir-1993 Lgi-Mir-1993 Llo-Mir-1993 Lpo-Mir-1993-P3 Lpo-Mir-1993-P4 Lpo-Mir-1993-P5 Mgi-Mir-1993 Mom-Mir-1993 Npo-Mir-1993 Obi-Mir-1993 Ofu-Mir-1993-P12 Ofu-Mir-1993-P13 Ovu-Mir-1993 Pau-Mir-1993 Pca-Mir-1993 Pcr-Mir-1993-P14 Pcr-Mir-1993-P15 Pdu-Mir-1993 Pve-Mir-1993-P8 Pve-Mir-1993-P9 Rph-Mir-1993 Sma-Mir-1993 Sme-Mir-1993-P6 Sme-Mir-1993-P7 Snu-Mir-1993 Tur-Mir-1993 War-Mir-1993 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_954871325.1_tfGorGonz1-WG_genomic) |
OX940787.1: 20439542-20439605 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACUUAAUAGCGAAAAAUUCCUAUGAAAGUUUCAGGAAUAUUGGCAUAAAUAUUUAAUGAUUAAAUAUAACAGUAUUAUGCUGGUAUUCUUGUGAUUUAAUAGAUGAAACUAACAUUAUAAAAGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 ACUUAAUAGCGAAAAAUUC---| GA U UG A UUAAUGAUU CUAU AAGUU CAGGAAUAU GCAUAA UAU \ GAUA UUUAG GUUCUUAUG CGUAUU AUG A AGAAAAUAUUACAAUCAAAGUA^ A- U GU - ACAAUAUAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Gsp-Mir-1993_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCAGGAAUAUUGGCAUAAAUAU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Gsp-Mir-1993_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
42- UAUUAUGCUGGUAUUCUUGUGA -64
Get sequence
|