MirGeneDB ID | Llo-Mir-1993 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-1993 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUUAUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Bootlace worm (Lineus longissimus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Agr-Mir-1993 Ava-Mir-1993-P10 Ava-Mir-1993-P11 Bko-Mir-1993 Bpl-Mir-1993 Cbr-Mir-1993 Cel-Mir-1993 Csc-Mir-1993 Cte-Mir-1993 Dgr-Mir-1993 Dma-Mir-1993 Dpu-Mir-1993 Eba-Mir-1993 Efe-Mir-1993-P1 Efe-Mir-1993-P2 Egr-Mir-1993 Esc-Mir-1993 Gsa-Mir-1993 Gsp-Mir-1993 Hru-Mir-1993 Isc-Mir-1993 Lan-Mir-1993 Lgi-Mir-1993 Lpo-Mir-1993-P3 Lpo-Mir-1993-P4 Lpo-Mir-1993-P5 Mgi-Mir-1993 Mom-Mir-1993 Npo-Mir-1993 Obi-Mir-1993 Ofu-Mir-1993-P12 Ofu-Mir-1993-P13 Ovu-Mir-1993 Pau-Mir-1993 Pca-Mir-1993 Pcr-Mir-1993-P14 Pcr-Mir-1993-P15 Pdu-Mir-1993 Pve-Mir-1993-P8 Pve-Mir-1993-P9 Rph-Mir-1993 Sma-Mir-1993 Sme-Mir-1993-P6 Sme-Mir-1993-P7 Snu-Mir-1993 Tur-Mir-1993 War-Mir-1993 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_910592395.2_tnLinLong1) |
OU342995.1: 5589774-5589834 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGUUCUACAACUAUGAACGCUUGCCGGAUUUCGGGAAUUCCAGCGUAACACUGGUAUAAUGAAACACAGUAUUAUGCUGUUAUUCACGAGAUUUCGCGGGUUUAGUCACCAACCAUUUUCUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AGUUCUACAACUAUGAAC--| CG G UC C GGUAUAA GCUUGC GAUUUCG GAAU CAGCGUAA ACU \ UGGGCG UUAGAGC CUUA GUCGUAUU UGA U UCUUUUACCAACCACUGAUU^ CU A UU A CACAAAG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Llo-Mir-1993_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCGGGAAUUCCAGCGUAACACU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Llo-Mir-1993_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- UAUUAUGCUGUUAUUCACGAGA -61
Get sequence
|