MirGeneDB ID | Isc-Mir-1993 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1993 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUUAUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Deer tick (Ixodes scapularis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | isc-mir-1993 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Agr-Mir-1993 Ava-Mir-1993-P10 Ava-Mir-1993-P11 Bko-Mir-1993 Bpl-Mir-1993 Cbr-Mir-1993 Cel-Mir-1993 Csc-Mir-1993 Cte-Mir-1993 Dgr-Mir-1993 Dma-Mir-1993 Dpu-Mir-1993 Eba-Mir-1993 Efe-Mir-1993-P1 Efe-Mir-1993-P2 Egr-Mir-1993 Esc-Mir-1993 Gsa-Mir-1993 Gsp-Mir-1993 Hru-Mir-1993 Lan-Mir-1993 Lgi-Mir-1993 Llo-Mir-1993 Lpo-Mir-1993-P3 Lpo-Mir-1993-P4 Lpo-Mir-1993-P5 Mgi-Mir-1993 Mom-Mir-1993 Npo-Mir-1993 Obi-Mir-1993 Ofu-Mir-1993-P12 Ofu-Mir-1993-P13 Ovu-Mir-1993 Pau-Mir-1993 Pca-Mir-1993 Pcr-Mir-1993-P14 Pcr-Mir-1993-P15 Pdu-Mir-1993 Pve-Mir-1993-P8 Pve-Mir-1993-P9 Rph-Mir-1993 Sma-Mir-1993 Sme-Mir-1993-P6 Sme-Mir-1993-P7 Snu-Mir-1993 Tur-Mir-1993 War-Mir-1993 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_016920785.2_ASM1692078v2_ISC) |
NW_024609838.1: 16707574-16707636 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUUCCAGCUCGGCUGUCGGCGGCGCCAACCGCGUGAACACAAGCGUGAUACCGUGCUUGGCUGAACUCGGGCAUUAUGCUAGUGUUCGCGGGGCUGGUUGCGCCUGGACUCACACAUGCGAGUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UUUCCAGCUCGGCUGUC-- GC A G A A-| GUGCUUG GGCG GCCA CC CGUGAACAC AGCGUGAU CC G CCGC UGGU GG GCGCUUGUG UCGUAUUA GG C UGAGCGUACACACUCAGGU GU C G A CG^ CUCAAGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Isc-Mir-1993_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GCGUGAACACAAGCGUGAUACC -22
Get sequence
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Mature sequence | Isc-Mir-1993_3p |
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mirBase accession | MIMAT0016929 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- CAUUAUGCUAGUGUUCGCGGGG -63
Get sequence
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