MirGeneDB ID | Lgi-Mir-22-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-22 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGCUGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Owl limpet (Lottia gigantea) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | lgi-mir-745b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Lgi-Mir-22-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-22-P2 Asu-Mir-22-P2 Bge-Mir-22-P2 Cbr-Mir-22-P2-v1 Cbr-Mir-22-P2-v2 Cel-Mir-22-P2 Cgi-Mir-22-P2 Csc-Mir-22-P2 Cte-Mir-22-P2 Dan-Mir-22-P2 Dma-Mir-22-P2 Dme-Mir-22-P2 Dmo-Mir-22-P2 Dpu-Mir-22-P2 Dsi-Mir-22-P2 Dya-Mir-22-P2 Esc-Mir-22-P2 Hme-Mir-22-P2 Isc-Mir-22-P2 Lan-Mir-22-P2 Lpo-Mir-22-P2a Lpo-Mir-22-P2b Lpo-Mir-22-P2c Lpo-Mir-22-P2d Npo-Mir-22-P2 Ovu-Mir-22-P2 Pfl-Mir-22-o2 Pmi-Mir-22-o2 Sko-Mir-22-o2 Spu-Mir-22-o2 Tca-Mir-22-P2-v1 Tca-Mir-22-P2-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Lotgi1) |
LOTGIsca_20: 382169-382227 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-22-P2) |
Mir-22-P1
LOTGIsca_20: 381452-381510 [+]
Ensembl
Mir-22-P2 LOTGIsca_20: 382169-382227 [+] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCAUGUCAAUGUAUAUAAUAGACUCAUCUUAGCUCUUCAUUGGGUCAGCUAUCGUAAUUUAGAAAGAGAGCUGCCAAAUGAAGGGCUGUGAUUGGUUAAAUCAUCUUCAUUUCAUGUAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UCAUGUCAAUGUAUAUAAUA--| C U G U A GUAAU GACU AUC UAGCUCUUCAUU GG CAGCU UC U UUGG UAG GUCGGGAAGUAA CC GUCGA AG U AAUGUACUUUACUUCUACUAAA^ U U A - G AAAGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Lgi-Mir-22-P2_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGCUCUUCAUUGGGUCAGCUAUC -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Lgi-Mir-22-P2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0009599 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- GAGCUGCCAAAUGAAGGGCUGU -59
Get sequence
|