MirGeneDB ID | Mmu-Mir-30-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-30 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUAAACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mmu-mir-30d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mmu-Mir-30-P1b Mmu-Mir-30-P1d Mmu-Mir-30-P2a Mmu-Mir-30-P2b Mmu-Mir-30-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-30-P1a Ami-Mir-30-P1a Bta-Mir-30-P1a Cfa-Mir-30-P1a Cja-Mir-30-P1a Cli-Mir-30-P1a Cmi-Mir-30-P1a Cpi-Mir-30-P1a Cpo-Mir-30-P1a Dno-Mir-30-P1a Dre-Mir-30-P1a Eca-Mir-30-P1a Ete-Mir-30-P1a Gga-Mir-30-P1a Gja-Mir-30-P1a Gmo-Mir-30-P1a Hsa-Mir-30-P1a Laf-Mir-30-P1a Lch-Mir-30-P1a Loc-Mir-30-P1a Mal-Mir-30-P1a Mdo-Mir-30-P1a Mml-Mir-30-P1a Mmr-Mir-30-P1a Mun-Mir-30-P1a Neu-Mir-30-P1a Oan-Mir-30-P1a Ocu-Mir-30-P1a Pab-Mir-30-P1a Pbv-Mir-30-P1a Rno-Mir-30-P1a Sha-Mir-30-P1a Spt-Mir-30-P1a Sto-Mir-30-P1a Tgu-Mir-30-P1a Tni-Mir-30-P1a Xla-Mir-30-P1a1 Xla-Mir-30-P1a2 Xtr-Mir-30-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (mm10) |
chr15: 68341217-68341278 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-30-P1a) |
Mir-30-P2a
chr15: 68337431-68337490 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-30-P1a chr15: 68341217-68341278 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUUGUAGCUUGCUGUCAGAAAGUCUGUGUCUGUAAACAUCCCCGACUGGAAGCUGUAAGCCACAGCCAAGCUUUCAGUCAGAUGUUUGCUGCUACUGGCUCUUCGAAUGCAUCUUUUGGACAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UUUGUAGCUUGCUGUCA- -| U UCU CCC GUAAGC GAA AGUC GUG GUAAACAUC GACUGGAAGCU C CUU UCGG CAU CGUUUGUAG CUGACUUUCGA A ACAGGUUUUCUACGUAAG C^ U CGU A-- ACCGAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Mmu-Mir-30-P1a_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0000515 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGUAAACAUCCCCGACUGGAAGCU -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000515 TargetScanVert: mmu-miR-30d-5p miRDB: MIMAT0000515 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Mmu-Mir-30-P1a_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0017011 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- CUUUCAGUCAGAUGUUUGCUGC -62
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-30d-3p miRDB: MIMAT0017011 |