MirGeneDB ID | Cfa-Mir-30-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-30 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUAAACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-30d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cfa-Mir-30-P1b Cfa-Mir-30-P1d Cfa-Mir-30-P2a Cfa-Mir-30-P2b Cfa-Mir-30-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-30-P1a Ami-Mir-30-P1a Bta-Mir-30-P1a Cli-Mir-30-P1a Cmi-Mir-30-P1a Cpi-Mir-30-P1a Cpo-Mir-30-P1a Dno-Mir-30-P1a Dre-Mir-30-P1a Ete-Mir-30-P1a Gga-Mir-30-P1a Gja-Mir-30-P1a Gmo-Mir-30-P1a Hsa-Mir-30-P1a Lch-Mir-30-P1a Loc-Mir-30-P1a Mal-Mir-30-P1a Mdo-Mir-30-P1a Mml-Mir-30-P1a Mmu-Mir-30-P1a Mun-Mir-30-P1a Oan-Mir-30-P1a Ocu-Mir-30-P1a Pbv-Mir-30-P1a Rno-Mir-30-P1a Sha-Mir-30-P1a Spt-Mir-30-P1a Sto-Mir-30-P1a Tgu-Mir-30-P1a Tni-Mir-30-P1a Xla-Mir-30-P1a1 Xla-Mir-30-P1a2 Xtr-Mir-30-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chr13: 30910306-30910365 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-30-P1a) |
Mir-30-P2a
chr13: 30906038-30906097 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-30-P1a chr13: 30910306-30910365 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGCUCACAUGUGGUUGAGAAAGCCUGUGGUUGUAAACAUCCCCGACUGGAAGCUGGAAGACAGCAAAGCUUUCAGUCAGAUGUUUGCUGCUACCGGCUGUUCACAGACGGCACUUGGUCUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UGCUCACAUGUGGUUGA- -| U U CCC GGAAG GAA AGCC GUGGU GUAAACAUC GACUGGAAGCU A CUU UCGG CAUCG CGUUUGUAG CUGACUUUCGA C UCUGGUUCACGGCAGACA G^ C U A-- AACGA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cfa-Mir-30-P1a_5p |
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mirBase accession | MIMAT0006616 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGUAAACAUCCCCGACUGGAAGCU -24
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-30d miRDB: MIMAT0006616 |
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Star sequence | Cfa-Mir-30-P1a_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- CUUUCAGUCAGAUGUUUGCUGC -60
Get sequence
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