| MirGeneDB ID | Aca-Mir-27-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-27 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UCACAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Green anole lizard (Anolis carolinensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | aca-mir-27a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Aca-Mir-27-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-27-P3 Bta-Mir-27-P3 Cfa-Mir-27-P3 Cja-Mir-27-P3 Cmi-Mir-27-P3 Cpi-Mir-27-P3 Cpo-Mir-27-P3 Dno-Mir-27-P3 Dre-Mir-27-P3 Eca-Mir-27-P3 Ete-Mir-27-P3 Gga-Mir-27-P3 Gja-Mir-27-P3 Gmo-Mir-27-P3 Hsa-Mir-27-P3 Laf-Mir-27-P3 Lch-Mir-27-P3 Loc-Mir-27-P3 Mal-Mir-27-P3 Mdo-Mir-27-P3 Mml-Mir-27-P3 Mmr-Mir-27-P3 Mmu-Mir-27-P3 Neu-Mir-27-P3 Oan-Mir-27-P3 Ocu-Mir-27-P3 Pab-Mir-27-P3 Pbv-Mir-27-P3 Rno-Mir-27-P3 Sha-Mir-27-P3 Sto-Mir-27-P3a Sto-Mir-27-P3b Tgu-Mir-27-P3 Tni-Mir-27-P3 Xla-Mir-27-P3c Xla-Mir-27-P3d Xtr-Mir-27-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (anoCar2) |
2: 29157937-29157998 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-27-P3) |
Mir-24-P3
2: 29157652-29157711 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-27-P3 2: 29157937-29157998 [-] UCSC Ensembl Mir-23-P3 2: 29158348-29158408 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGAAAGGCCUUUUUUCAGAUGACAAGCCGUAGGGCUUAGCCCACCUGUGAACAGCAUUGGAUUCAGCCAUGUUCACAGUGGCUAAGUUCCGCUGCUUGGAGUUCAUUAUCUUCACACCAAAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GGAAAGGCCUUUUUUCA--| GA C UA CAC GCAUUGG GAU CAAGC G GGGCUUAGCC CUGUGAACA A UUG GUUCG C CUUGAAUCGG GACACUUGU U UAAACCACACUUCUAUUAC^ AG U GC U-- ACCGACU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Aca-Mir-27-P3_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0021905 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGGCUUAGCCCACCUGUGAACA -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Aca-Mir-27-P3_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0021906 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- UUCACAGUGGCUAAGUUCCGC -62
Get sequence
|
