MirGeneDB ID | Oan-Mir-1388-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-1388 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGACUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Platypus (Ornithorhynchus anatinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | oan-mir-1388 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Oan-Mir-1388-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-1388 Ami-Mir-1388 Bta-Mir-1388 Cfa-Mir-1388 Cli-Mir-1388 Cmi-Mir-1388 Cpi-Mir-1388 Cpo-Mir-1388 Dno-Mir-1388 Dre-Mir-1388 Eca-Mir-1388 Ete-Mir-1388 Gga-Mir-1388 Gja-Mir-1388 Gmo-Mir-1388 Laf-Mir-1388 Lch-Mir-1388 Loc-Mir-1388 Mal-Mir-1388 Mdo-Mir-1388 Mmr-Mir-1388 Mun-Mir-1388 Pbv-Mir-1388 Sha-Mir-1388 Spt-Mir-1388 Sto-Mir-1388 Tgu-Mir-1388 Tni-Mir-1388 Xtr-Mir-1388 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (mOrnAna1.p.v1_plustraces) |
NC_041735.1: 20334932-20334992 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1388-v2) |
Mir-1388-v1
NC_041735.1: 20334932-20334992 [+]
Mir-1388-v2 NC_041735.1: 20334932-20334992 [+] |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUGGGUGCCUGUUCAGUGGGGGGCGUGUCUAGGACUGUCUAACCUGAGAAUGGUGAUGUGUGAGGGUCAAUCUCAGGUUCGUCAGCCCAUGAAACGCCUUCUCCAGAUCCAACGCAGGGGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GUGGGUGCCUGUUCAGU--| G UA A UCU A UGAUGU GGGGGGCGU UC GG CUG AACCUGAGA UGG \ UCUUCCGCA AG CC GAC UUGGACUCU ACU G CGGGGACGCAACCUAGACC^ A UA C UGC A GGGAGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Oan-Mir-1388-v2_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0007168 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGGACUGUCUAACCUGAGAAUGG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Oan-Mir-1388-v2_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0007169 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- AAUCUCAGGUUCGUCAGCCCAUG -61
Get sequence
|