MirGeneDB ID | Gja-Mir-1388 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1388 (all species) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGACUGU | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Schlegels Japanese gecko (Gekko japonicus) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-1388 Ami-Mir-1388 Bta-Mir-1388 Cfa-Mir-1388 Cli-Mir-1388 Cmi-Mir-1388 Cpi-Mir-1388 Cpo-Mir-1388 Dno-Mir-1388 Dre-Mir-1388 Eca-Mir-1388 Eca-Mir-1388-as Ete-Mir-1388 Gga-Mir-1388 Gmo-Mir-1388 Laf-Mir-1388 Lch-Mir-1388 Loc-Mir-1388 Mal-Mir-1388 Mdo-Mir-1388 Mmr-Mir-1388 Mun-Mir-1388 Oan-Mir-1388-v1 Oan-Mir-1388-v2 Pbv-Mir-1388 Sha-Mir-1388 Spt-Mir-1388 Sto-Mir-1388 Tgu-Mir-1388 Tni-Mir-1388 Xla-Mir-1388-P1 Xla-Mir-1388-P2 Xtr-Mir-1388 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Gnathostomata | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_001447785.1_Gekko_japonicus) |
NW_015176067.1: 166941-167001 [-] | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CGUGGUACUGCCCCGAUGGGGAGUGUUUCAUGGACUGUCUAACCUGAGAAUGGUGAAACAGGAAGGUCAAUCUCAGGUCCGUCAGCCCACAAGACGCUCACCCCAAACCGCUUCUUGCAGCGet precursor sequence | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CGUGGUACUGCCCCGAU- -| CA A UCUA A GUGAAAC GGG GAGUGUUU UGG CUG ACCUGAGA UG \ CCC CUCGCAGA ACC GAC UGGACUCU AC A CGACGUUCUUCGCCAAAC A^ AC C UGCC A UGGAAGG . 110 100 90 80 70 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Gja-Mir-1388_5p (predicted) |
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mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGGACUGUCUAACCUGAGAAUG -22
Get sequence
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Star sequence | Gja-Mir-1388_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- AUCUCAGGUCCGUCAGCCCACA -61
Get sequence
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