MirGeneDB ID | Esc-Mir-252-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-252 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UAAGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Hawaiian bobtail squid (Euprymna scolopes) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Asu-Mir-252-P1 Bfl-Mir-252-P1-v1 Bfl-Mir-252-P1-v2 Bge-Mir-252-P1 Bla-Mir-252-P1-v1 Bla-Mir-252-P1-v2 Cbr-Mir-252-P1 Cel-Mir-252-P1 Cgi-Mir-252-P1 Csc-Mir-252-P1 Cte-Mir-252-P1 Dan-Mir-252-P1a Dan-Mir-252-P1b Dma-Mir-252-P1-v1 Dma-Mir-252-P1-v2 Dme-Mir-252-P1a Dme-Mir-252-P1b Dmo-Mir-252-P1a Dmo-Mir-252-P1b Dpu-Mir-252-P1 Dsi-Mir-252-P1a Dsi-Mir-252-P1b Dya-Mir-252-P1a Dya-Mir-252-P1b Hme-Mir-252-P1 Isc-Mir-252-P1 Lan-Mir-252-P1 Lgi-Mir-252-P1 Lpo-Mir-252-P1c Lpo-Mir-252-P1e Lpo-Mir-252-P1f Npo-Mir-252-P1 Obi-Mir-252-P1 Ovu-Mir-252-P1 Pfl-Mir-252-P1 Pmi-Mir-252-P1 Sko-Mir-252-P1 Spu-Mir-252-P1 Tca-Mir-252-P1 Xbo-Mir-252-P1g Xbo-Mir-252-P1h Xbo-Mir-252-P1i | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_004765925.1_miRNA_LOCI) |
Esc-Mir-252-P2_pre_SRIE01032847.1:667347-667490: 44-101 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUAAAAGGUGCAACAAUGAGAUUGGCCGGUUUAAGUAGUGGUGCCGCAGGUAGCGGUUAUACACUUACCUGCAUCCCACUAUUUACCGCUGGACAGUUUUUCAUAUCAACUCAUCCUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AUAAAAGGUGCAACAAU- G U-| UGCC GCGGUU GAGAUUG CCGGU UAAGUAGUGG GCAGGUA \ UUUUGAC GGUCG AUUUAUCACC CGUCCAU A UUCCUACUCAACUAUACU A CC^ CUA- UCACAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Esc-Mir-252-P1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUAAGUAGUGGUGCCGCAGGUA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Esc-Mir-252-P1_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- CCUGCAUCCCACUAUUUACCG -58
Get sequence
|