MirGeneDB ID | Isc-Mir-252-P2-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-252 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAGUACU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Deer tick (Ixodes scapularis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Isc-Mir-252-P1 Isc-Mir-252-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-252-P2 Bfl-Mir-252-P2 Bge-Mir-252-P2-v1 Bge-Mir-252-P2-v2 Bla-Mir-252-P2 Cbr-Mir-252-P2 Cel-Mir-252-P2 Cgi-Mir-252-P2 Csc-Mir-252-P2 Cte-Mir-252-P2 Dan-Mir-252-P2-v1 Dan-Mir-252-P2-v2 Dma-Mir-252-P2 Dme-Mir-252-P2-v1 Dme-Mir-252-P2-v2 Dmo-Mir-252-P2-v1 Dmo-Mir-252-P2-v2 Dpu-Mir-252-P2-v1 Dpu-Mir-252-P2-v2 Dsi-Mir-252-P2-v1 Dsi-Mir-252-P2-v2 Dya-Mir-252-P2-v1 Dya-Mir-252-P2-v2 Hme-Mir-252-P2 Lan-Mir-252-P2 Lgi-Mir-252-P2 Lpo-Mir-252-P2c Lpo-Mir-252-P2d Npo-Mir-252-P2 Pfl-Mir-252-P2 Pmi-Mir-252-P2 Sko-Mir-252-P2 Spu-Mir-252-P2 Tca-Mir-252-P2 Xbo-Mir-252-P2g Xbo-Mir-252-P2h | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (IscaWI) |
DS858616: 253418-253477 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGAUGUCUCCGGCCGUGUGACACUCCGGGCUAAGUACUAGCGCCGUAGGAGUGGGGUUUUUGGACACUCCCCCACGCCUUGGUGUUUCCCGAGGGCGUUAAUGUUGUGCCUUUAACCCCGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AGAUGUCUCCGGCCGUG--- A -| CU C C A-- GGGGUU UGAC CUC CGGG AAGUACUAG GC GU GGAGU \ AUUG GGG GCCC UUUGUGGUU CG CA CCUCA U GCCCCAAUUUCCGUGUUGUA C A^ -- C - CCC CAGGUU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Isc-Mir-252-P2-v2_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAAGUACUAGCGCCGUAGGAGU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Isc-Mir-252-P2-v2_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- CCCCCACGCCUUGGUGUUUCCC -60
Get sequence
|