| MirGeneDB ID | Dme-Mir-252-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-252 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UAAGUAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila melanogaster) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dme-mir-252 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dme-Mir-252-P1a Dme-Mir-252-P1b Dme-Mir-252-P2-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-252-P2 Bfl-Mir-252-P2 Bge-Mir-252-P2-v1 Bge-Mir-252-P2-v2 Bla-Mir-252-P2 Cbr-Mir-252-P2 Cel-Mir-252-P2 Cgi-Mir-252-P2 Csc-Mir-252-P2 Cte-Mir-252-P2 Dan-Mir-252-P2-v1 Dan-Mir-252-P2-v2 Dma-Mir-252-P2 Dmo-Mir-252-P2-v1 Dmo-Mir-252-P2-v2 Dpu-Mir-252-P2-v1 Dpu-Mir-252-P2-v2 Dsi-Mir-252-P2-v1 Dsi-Mir-252-P2-v2 Dya-Mir-252-P2-v1 Dya-Mir-252-P2-v2 Hme-Mir-252-P2 Isc-Mir-252-P2-v1 Isc-Mir-252-P2-v2 Lan-Mir-252-P2 Lgi-Mir-252-P2 Lpo-Mir-252-P2c Lpo-Mir-252-P2d Npo-Mir-252-P2 Pfl-Mir-252-P2 Pmi-Mir-252-P2 Sko-Mir-252-P2 Spu-Mir-252-P2 Tca-Mir-252-P2 Xbo-Mir-252-P2g Xbo-Mir-252-P2h | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Drosophila_melanogaster_BDGP6) |
3R: 13464230-13464296 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-252-P2-v1) |
Mir-252-P2-v1
3R: 13464230-13464296 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-252-P2-v2 3R: 13464231-13464295 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUGUGCCGCCUACUUACCAAGUUCGCUUUCCUAAGUACUAGUGCCGCAGGAGUUAGGUUCGUGUCCGCAAUACCUCCUGCUGCCCAAGUGCUUAUUAAAGCGGCGAGUUGCCCAGCAAAAGAAUACAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GUGUGCCGCCUACUUACCAA---| U CC AGU C UUAGGUUCGU GU CGCUUU UAAGUACU GC GCAGGAG \ CG GCGAAA AUUCGUGA CG CGUCCUC G ACAUAAGAAAACGACCCGUUGAG^ - UU ACC U CAUAACGCCU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Dme-Mir-252-P2-v1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0005516 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUAAGUACUAGUGCCGCAGGAGU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0005516 TargetScanFly: dme-miR-252 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Dme-Mir-252-P2-v1_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0020896 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
44- UCCUGCUGCCCAAGUGCUUAUUA -67
Get sequence
|
