MirGeneDB ID | Pab-Mir-154-P9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-154 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAAACAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Pab-Mir-154-P1 Pab-Mir-154-P2-v1 Pab-Mir-154-P2-v2 Pab-Mir-154-P3-v1 Pab-Mir-154-P3-v2 Pab-Mir-154-P4 Pab-Mir-154-P5 Pab-Mir-154-P6a-v1 Pab-Mir-154-P6a-v2 Pab-Mir-154-P6b Pab-Mir-154-P7 Pab-Mir-154-P8a Pab-Mir-154-P8b Pab-Mir-154-P10 Pab-Mir-154-P11 Pab-Mir-154-P12 Pab-Mir-154-P14 Pab-Mir-154-P16a Pab-Mir-154-P16b Pab-Mir-154-P17 Pab-Mir-154-P18 Pab-Mir-154-P19 Pab-Mir-154-P20 Pab-Mir-154-P21 Pab-Mir-154-P23 Pab-Mir-154-P24 Pab-Mir-154-P25 Pab-Mir-154-P26 Pab-Mir-154-P28 Pab-Mir-154-P29 Pab-Mir-154-P30 Pab-Mir-154-P31 Pab-Mir-154-P32 Pab-Mir-154-P33 Pab-Mir-154-P34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-154-P9 Cfa-Mir-154-P9 Cja-Mir-154-P9 Cpo-Mir-154-P9 Dno-Mir-154-P9 Eca-Mir-154-P9 Ete-Mir-154-P9 Hsa-Mir-154-P9 Laf-Mir-154-P9 Mml-Mir-154-P9 Mmr-Mir-154-P9 Mmu-Mir-154-P9 Rno-Mir-154-P9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM054694.2: 105460648-105460703 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUCAGUGCUAAUCUUCGAUACUCGAAGGAGAGGUUGUCCGUGUUGUCUUCUCUUUAUUUAUGAUGAAACAUACACGGGAAACCUCUUUUUUAGUAUCAAAUCCCACCCUGGAGGCAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AUCAGUGCUAAUCUUCG---| C GU - C - UUUA AUACU GAAGGAGAGGUU CCGUGU UGU UUC UC \ UAUGA UUUUUUCUCCAA GGCACA ACA AAG AG U ACGGAGGUCCCACCCUAAAC^ - AG U - U UAUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Pab-Mir-154-P9_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGGUUGUCCGUGUUGUCUUCUCU -23
Get sequence
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Mature sequence | Pab-Mir-154-P9_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
33- UGAAACAUACACGGGAAACCUCU -56
Get sequence
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